Последнее значимое извержение произошло на Фернандине в 1895 году, но рассказывают, что во время Второй Мировой войны на Исабеле проснулся вулкан и извергался особенно яростно. С ближайшей военной базы Сеймур, построенной американцами в тот период, когда они вели боевые действия протии Японии, был послан самолет с целью осмотреть кратер, но, приблизившись слишком близко, он рухнул в кипящую лаву. Когда, спустя несколько месяцев, все закончилось и удалось спуститься в кратер, то там нашли лишь искореженные куски металла и ни следа от одиннадцати несчастных, составлявших экипаж.
В самом начале своего существования, острова, должно быть, представляли из себя нагромождение из гранита и лавы, но по прошествии миллионов лет, эрозия и ветер сравняли ландшафт и появилась почва, на которой смогли поселиться растения и животные, принесенные сюда с континента. Интересен тот факт, что до прибытия туда человека, острова были заселены лишь птицами, рептилиями и насекомыми, но не было там ни одного представителя млекопитающих. Вокруг водились, конечно, тюлени, но их скорее можно отнести к морским обитателям, чем сухопутным.
На протяжении миллионов и миллионов лет острова очень медленно менялись и эволюционировали, оставаясь никому неизвестными и затерянными в океане, пока в шестнадцатом веке группа испанце не обнаружила их.
Существует, правда, легенда, что за несколько лет до испанцев какой-то перуанский инка добрался туда на плоту, но в то трудно поверить, по причине ограниченности наших знаний о цивилизации инков. Течение Гумбольдта могло занести его или их туда, но и одновременно не выпустило бы обратно.
В соответствии с историческими документами монах Томас де Берланга, епископ Кастилья де Оро, кому королевскими указам было определено решить спор между Писарро и Алмарго, открыл эти острова. В 1535 году он отбыл из Панамы курсом на Перу, и по пути корабль попал в полосу мертвого штиля, мощное морское течение потащило их на восток, внутрь Южного Моря, которое в те времена считалось ужасным, неисследованным и таинственным океаном.
Прошло много дней, и когда измученные жаждой моряки уже не чаяли вернуться, на горизонте показался неизвестный остров, куда и поспешили причалить. На берег ступили с опаской, поскольку вначале полагали, что там живут каннибалы, но вскоре обнаружили, что остров необитаем.
Пресной воды на острове не оказалось — пришлось ограничиться соком кактусов. Возможно, это была Эспаньола. Вдали они различили контуры другого острова, больше этого, и направились к нему — таким вот образом епископ Берланга и открыл этот архипелаг. Брат Томас покинул острова, не дав им никакого названия, что само по себе очень странно, ибо испанские служители церкви имели обыкновение давать имена всему, что находили в Новом Свете. Прибыв в безопасное место, он в своем послании королю известил его, что по дороге была найдена… земля, где Господь раскидал камни как попало и где обитают в изобилии гигантские игуаны, чудовищные черепахи и еще какие-то неизвестные животные, и решили они тогда, что побывали в заколдованном месте.