В сентябре 1883 года Серебренниковы уезжали из Ирбита в Петербург. Отсутствовавший на проводах Моллесон прислал Серебренниковым приветственное письмо-адрес, называя их «Ein ganzer Mensch — цельный человек».
Характеры Павла Николаевича и Евгении Павловны удачно дополняли один другой. Общие взгляды на жизнь, совместная работа, умение уважать интересы другого — все это помогло Серебренниковым избежать того ужаса одиночества, на который обрекались в те годы многие люди интеллигентного труда.
В Петербурге Евгения Павловна работала сверхштатным ординатором в глазной клинике профессора Добровольского, затем у профессора Магавли, под руководством Донберга, а также на домашнем приеме. Ценные практические навыки приобрела она на амбулаторных приемах в общине святого Георгия. О результатах этой работы Серебренникова доложила в своей первой печатной статье «Отчет по глазной амбулатории при общине святого Георгия в С.-Петербурге за 1884 г.».
Весной 1885 года Павел Николаевич успешно защитил диссертацию. Полные сил и надежд Серебренниковы отправились в Пермь.
Пермь встретила Серебренниковых недружелюбно. Павел Николаевич, имея докторскую степень и приверженность к санитарии, вынужден был устроиться школьным врачом. Не могла найти работу по специальности и Евгения Павловна. Ей не хотелось заниматься частной практикой. Она мечтала о других масштабах деятельности. Лечить больных бесплатно, как это было в Ирбите, и жить на средства мужа Евгения Павловна считала теперь неудобным для себя. Она пытается найти выход из создавшегося положения.
В единственной крупной больнице Перми — Александровской, как и во всех земских больницах России, в то время не было глазного отделения. В городе не было штатной должности врача-глазника. Но у Серебренниковых теплилась, надежда на то, что в скором времени при земской больнице может быть открыто глазное отделение.
Офтальмологическая наука в России развивалась. Постепенно улучшалась помощь людям, страдающим заболеваниями глаз. В связи с этим количество выявленных больных росло. Состоявшийся в 1885 году Первый всероссийский съезд глазников поставил вопрос об открытии глазных отделений в земских больницах. Пермское губернское земство в свое время считалось одним из самых прогрессивных, и можно было надеяться, что оно поддержит предложение съезда.
Но пока отделения нет. Евгения Павловна решила заняться лечением бесплатно. Она обратилась к старшему врачу Александровской больницы Земблинову с просьбой разрешить ей вести прием амбулаторных больных. Земблинов в принципе ответил утвердительно, он даже сам мечтал о глазном отделении, ему необходимо лишь отношение губернской земской управы. Серебренникова побывала в управе, но там сослались на отсутствие места, на невозможность пересмотра смет текущего года. Не помогли Евгении Павловне ссылки на то, что глазные больные из Перми ездят лечиться в Казань, что Пермская губерния по глазным заболеваниям занимает одно из первых мест. Чиновники из управы отнеслись к Серебренниковой весьма недоверчиво. Они сразу заметили: за ее горячностью и простотой скрывается сознание собственного достоинства, требовательность, энергия. Они-то не раз убеждались: с такими людьми хлопот потом не оберешься. В желании Евгении Павловны работать бесплатно, чиновники видели лишь стремление к независимости. Их устраивал другой человек, более сговорчивый, обремененный заботами о материальном благополучии. Земская управа наотрез отказала в просьбе единственному на всю губернию глазному врачу.