Вслед за тем бандиты, без лишних разбирательств, сожгли ферму, на которой нашёл пристанище Уичер, и убили её хозяина.
Ещё два агента Пинкертона, Луи Дж. Лулл и Джон Бойл, погибли в перестрелке с бандитами. Теперь Пинкертон рассматривал войну с братьями Джеймс как личную вендетту.
Он наладил сбор информации среди сторонников Севера, осевших на территории деятельности банды. Пользуясь полученными данными, в ночь на 25 января 1875 года его агенты под его личным руководством, совершили налёт на семейную ферму Джеймсов-Сэмюэлей. В ходе короткой стычки кто-то из детективов (не исключено, что сам Пинкертон) бросил в дом ручную зажигательную бомбу.
Взрыв убил на месте сводного брата Джеймса — юного Арчи Сэмюэля, названного в честь партизана-конфедерата Арчи Клемента. Ещё одному обитателю фермы, чернокожему слуге и бывшему рабу Джесси Джеймса Зерельде Сэмюэлю, тем же взрывом оторвало руку. Вскоре он скончался.
Дом почти полностью сгорел, но остальным членам банды удалось отбиться от жаждавших крови «пинки» и скрыться.
Позже Пинкертон отрицал, что целью рейда был поджог. Но относительно недавно было обнаружено письмо прославленного детектива, в котором он пообещал «сжечь осиное гнездо и выкурить негодяев».
Местные жители, в основном поддерживавшие «Робин Гуда» и его людей, обвинили Пинкертона в ничем не мотивированном нападении на респектабельный семейный дом. На волне общественного возмущения конгресс штата Миссури едва не принял закон об амнистии братьев Джеймс, объявляя их героическими защитниками граждан штата. Закон не прошёл, но теперь уже Пинкертону пришлось скрываться от разъярённого Джесси Джеймса, поклявшегося отомстить за гибель «невинного ребёнка». Джеймс появился в Чикаго и всерьёз принялся выслеживать своего врага. Агенты Пинкертона сумели скрыть своего шефа от глаз «миссурийского Робин Гуда» и его информаторов. Джеймс убрался из Чикаго ни с чем, а Пинкертон продолжил вендетту.
Несмотря на то, что агенты наседали и почти уничтожили банду Джеймсов, точку в деле поставило предательство двух преступников-новобранцев, братьев (опять братья!) Форд, Чарли и Роберта. Они были подкуплены губернатором Миссури Томасом Криттенденом. Криттенден пообещал братьям Форд по пять тысяч долларов за голову Джесси Джеймса и его людей. 3 апреля 1882 года Роберт Форд, в присутствии своего брата, застрелил Джесси Джеймса.
Роберт и Чарльз Форды были арестованы и осуждены за убийство первой степени, но тут же помилованы губернатором. Впоследствии, на деньги полученные за предательство, Боб Форд открыл салун. Но долго наслаждаться нормальной жизнью ему не пришлось. Спустя короткое время, его застрелил прямо в салуне один из поклонников Джесси Джеймса.