Признавая противоположную сторону диаметрально чуждой, советская власть ставила своей целью при введении красного террора ее уничтожение, в том числе те социальные группы, на которые она опирается. Поэтому красный террор, проводимый через систему ЧК, в первую очередь был направлен против старорежимного офицерства и чиновничества, жандармов и священнослужителей, а также против буржуазии.
Помимо разрушения прежней государственности, введение красного террора преследовало определенные по замыслу советского руководства созидательные цели, направленные на закрепление собственной устанавливаемой государственности, противоположной предыдущей. Обстановка требовала от большевиков для сохранения власти не только подавления мятежей, но и их предотвращения любой ценой, как и любых проявлений анархии. Террор заменяет нереальные в условиях гражданской войны экономические реформы, сдерживая недовольство. Террор используется при «регулировании» отношений между городом и деревней при утверждении новой армии, чиновничества, правоохранительных органов, т. е. новой государственности. Введение террора также должно было решить проблему индивидуального террора, сделав его политически невыгодным.
Красный террор вводился как чрезвычайная мера, и хотя его сроки не оговаривались, изначально являлся временной мерой. Его особенностью было осуществление через систему чрезвычайных комиссий. Также характерным для режима красного террора было увеличение превентивных мероприятий органами ЧК. Арестам, заключению в концлагеря и массовым репрессиям подвергались, прежде всего, потенциально опасные слои населения: тем самым вводилась практика предваряющего удара.
Следует выделить несколько этапов красного террора осенью 1918 г. Первые этап включает период с 30 августа 1918 г. по 5 сентября 1918 г. Рамки периода ограничены покушениями на В. И. Ленина и М. С. Урицкого и публикацией постановления ВЦИК о красном терроре. Основным содержанием первой недели стала неконтролируемая волна репрессий (более 3 тыс. расстрелов), прежде всего в губернских городах и в прифронтовых губерниях. Для периода характерен порой случайный состав жертв.
Более организованный и соответственно устрашающий характер террор приобретает во второй период, включающий оставшиеся дни сентября. Общее количество жертв политики красного террора в эти недели достигает 2 тысяч чел. После постановления ВЦИК корректируется направленность красного террора с одновременным распространением его уже на всю территорию России. Это период так называемого уездного террора и одновременно начало дискуссии о ВЧК, зародившейся как дискуссия о направленности красного террора, о его масштабах.