Можно утверждать, что большую часть своего времени Джон Ди отдавал тайным наукам: кабалистике нумерологии, алхимии, астрологии, а также гаданию. Уделял он внимание и изучению свойств зеркал. Об этой области его исследований известно очень мало, и о достижениях Ди мы можем судить только по его же скупым записям (например, по такой: «Нетрудно изготовить зеркало, которое силой солнца, даже скрытого облаками, превращает в пепел все разновидности камня и металла») или по свидетельствам современников, которые утверждали, что в доме Джона Ди была какая-то камера для «зеркальных видений».
И всё же чуть ли не главным увлечением всей жизни доктора Ди было изучение «магических» свойств кристаллов и искусство предсказаний с их помощью — кристалломантия.
Среди любопытных подробностей о различных магических кристаллах Джона Ди сохранились сведения о перстне с бериллом, в котором Ди мог вызывать образные видения не только у себя, но и у присутствующих. Предполагают, что кристалл в перстне был огранён особым способом, известным лишь самому Ди, — тем самым, о котором он намекает в своей знаменитой «Иероглифической монаде»: «Гранильщик бериллов сможет с высочайшей точностью узреть в кристаллической пластине всё, что только есть на земле и в воде в подлунном мире…» История знаменитого перстня, также как и магического чёрного зеркала, прослеживается до 1842 года, когда он был продан на аукционе таинственному незнакомцу. Дальнейшая судьба его тоже неизвестна.
Видное место среди «магических кристаллов» Джона Ди занимало зеркало из полированного обсидиана (вулканического стекла), привезённое испанцами из далёкой Мексики. Судя по всему, это была настоящая реликвия, которую ацтеки некогда использовали для того же, что и Джон Ди, — для прорицаний. В пользу этой версии говорит, например, такой любопытный факт: имя всевидящего и всезнающего Тескатлипоки — бога вулканов и вулканического стекла обсидиана — в переводе обозначает «дымящееся зеркало».
Свойства обсидианового зеркала ацтеков были столь необычны, что сама Елизавета приезжала домой к своему учителю, чтобы познакомиться с этим магическим инструментом. По всей видимости, зеркало и на самом деле стоило такого внимания. Сохранились записи того времени, рассказывающие, что не расстававшийся с этим зеркалом Джон Ди наблюдал в нём за событиями, происходившими от него на больших расстояниях. Например, за тем, как подстрекаемая завистниками чернь сожгла его «колдовской» дом с уникальной коллекцией старинных манускриптов, редкостей и камерой для «зеркальных видений».