За редким исключениием вроде Бонифация VIII (1294–1303), большинство средневековых пап после Григория VII (1073–1085) были людьми весьма добродетельными, особенно в отношении плотских соблазнов. Однако вовсе не обязательно быть таким же падшим человеком, как папа Александр VI Борджиа (1492–1503), чтобы содействовать карьере своих племянников, незаконнорожденных сыновей и других членов семьи, раздавая им церковные посты и земли и поддерживая во внутриполитической борьбе. Впрочем, папы вроде Иннокентия IV (1243–1254), автора увесистых трактатов по каноническому праву, а также инициатора Седьмого крестового похода (1244), также придерживались династической политики.
Бонифаций VIII стремился восстановить папское превосходство над мирскими державами, что возмутило короля Франции Филиппа IV, который в 1303 году совершил попытку похищения понтифика (политический ход, к которому прибегнет и Наполеон). В 1309 году французский преемник Бонифация Климент V (1305–1314) под давлением Филиппа IV перенес официальную папскую резиденцию в Авиньон. Папство вернулось в Рим только в 1377 году, а через несколько месяцев спорное избрание нового понтифика привело к очередному и особенно тяжелому расколу, продолжавшемуся до 1415 года. В «Божественной комедии», начатой приблизительно в 1307 году, Данте дал собирательный образ королей Франции как «великана», стоящего подле «шлюхи», под которой, очевидно, подразумевалось коррумпированное папство. Этот раскол, имеющий в своем основании легитимность завоевания Сицилии и Южной Италии Карлом Анжуйским, усугублял антифранцузские настроения. Примерно так же в XVII веке вся Европа не любила Испанию.
Другим результатом кипучей деятельности Церкви стало стремительное развитие монашеских орденов, самым влиятельным из которых стал основанный Франциском Ассизским орден францисканцев, утвержденный папой в 1210 году. Францисканцы практиковали деятельное пастырство в противовес отстранению от мира, характерному для традиционного монашества. Последнее играло важную роль для религиозной жизни Италии: так, крупными центрами христианской жизни были монастыри Монтекассино (основан в 529 году Святым Бенедиктом) и Монастеро Маджоре в Милане (IX век). «Золотым веком» Монтекассино стал период, когда настоятелем там был Дезидерий Беневентский, будущий папа Виктор III (1086–1087). Монастыри, соборы и церкви тех времен – прекрасные образцы романской архитектуры, среди которых можно выделить Duomo Vecchii («старые соборы») в Брешии и Верчелли.
В результате деятельности монахов в городах появились новые церкви и другие церковные сооружения, такие как базилика Сан-Франческо в Ассизи, посвященная святому Франциску и строившаяся с 1227 по 1367 год, а также церковь Санта-Корона в Виченце, законченная в 1261 году, в которой находилась редкая реликвия – часть тернового венца Христа. Эти и другие подобные строения обеспечили и пространство, и покровительство развивающейся живописи, поскольку требовалось расписывать фресками стены и оформлять алтари. Наиболее крупными мастерами того периода были Чимабуэ (ок. 1240 – ок. 1302) и его ученик Джотто (ок. 1266–1337). Эти живописцы произвели переворот в передаче человеческого облика, преодолев стереотипы и добавив изображениям индивидуальности. Стоит лишь взглянуть на фрески 1303–1305 годов в капелле Скровеньи в Падуе. Джотто стал автором многих фресок в церкви Ассизи. В Италии также было основано множество университетов, в частности в Болонье (1088), Виченце (1204), Ареццо (1215), Падуе (1222), Неаполе (1224), Риме (1245), Сиене (1240), Пьяченце (1248), Перудже (1308), хотя некоторым из них не было суждено просуществовать долго: университет Виченцы закрылся в 1209 году, а университет Пьяченцы просуществовал немногим дольше.