Пресвитериане упразднили епископальный строй. Но они были твёрдо намерены сохранить за Церковью Англии, которая теперь (как оказалось, ненадолго) стала пресвитерианской, господствующее положение, и пресекать в стране любое инакомыслие.
Вестминстерская Ассамблея – новый высший орган управления Церковью Англии – 23 декабря 1644 г. объявила пресвитерианство обязательной для подданных Англии религией. Долгий парламент, хотя состоял также из пресвитериан, увидел в этом акте посягательство на свои полномочия. Между Вестминстерской Ассамблеей и Долгим парламентом развернулась бурная и весьма бранчливая дискуссия о том, должна ли церковь подчиняться светской власти, или же наоборот, светская власть обязана следовать указаниям пресвитерианского церковного руководства. Наиболее резонансный обмен любезностями имел место в июне 1645 г. Представители Вестминстерской Ассамблеи, в обоснование своего верховенства, заявили тогда: «Мы считаем, что наша власть происходит от Иисуса Христа». Делегаты Долгого Парламента ответили: «Не думайте, что парламент не желает подчиниться игу Иисуса Христа. Иго Его лёгкое. Но если это иго сдирает кожу и мучит, то это не Его иго, и мы не желаем его нести»11. В этом конфликте победил парламент, защищавший свои традиционные полномочия по управлению национальной церковью. В результате сложного компромисса с Вестминстерской Ассамблеей 14 марта 1646 г. Долгий парламент по инициативе Дензила Голлиса издал «Ордонанс о пресвитерианском управлении в Английской церкви», объявивший – теперь уже от лица светской власти – пресвитерианство государственной религией Англии.
Незадолго до того, 24 февраля 1646 г., Долгий парламент впервые в практике английского законодательства ввёл в Англии частную собственность на землю. Это означало, что практика огораживания общинных земель будет продолжаться по нарастающей. А в армию «нового образца» шли многие из тех, кто пострадал от огораживаний.
Неудивительно, что в 1647 г. между армией и Долгим парламентом вспыхнул нешуточный конфликт. В армии оформилась политическая партия без отчётливой религиозной подоплёки: левеллеры, во главе с Джоном Лильберном. Они хотели реформировать парламент, расширив круг имеющих избирательное право, и положить огораживаниям конец, восстановив общинные права на землю. Таким образом, программа левеллеров сочетала политическое требование, которое было реализовано только в XIX в., со стремлением законсервировать режим землепользования, который для экономики Англии был уже архаикой. Никакого противоречия между этими пунктами не было: если бы парламент был реформирован по левеллерскому проекту в XVII, а не в XIX в., он, очень вероятно, положил бы огораживаниям конец.