Новый контракт между Пьеро ди Козимо и Джованни Торнабуони был подписан лишь в октябре 1465 г., хотя действовал задним числом и вступал в силу 25 марта. Он был рассчитан на 5 лет. Как обычно, все бремя управления ложилось на плечи Торнабуони, которого уполномочили торговать, заниматься обменом и служить Апостольской палате в пересылке папских булл и других вопросах. Поскольку инвестированного капитала не было, ожидалось, что Торнабуони поможет признанная репутация Медичи. Ему причиталась доля прибыли в размере 1/6. Его обязанности описывались очень подробно. Торнабуони не имел права нанимать и увольнять служащих; он должен был исполнять волю и распоряжения Пьеро, то есть проводить политику Пьеро. Короче говоря, хотя формулировки могли отличаться от других партнерских соглашений, суть осталась прежней. Вероятно, соглашение неоднократно продлевали, так как Джованни Торнабуони оставался во главе римского филиала на протяжении 30 лет, до 1494 г., когда Медичи изгнали из Флоренции. За долгий период службы ему удалось сохранить доверие Пьеро, своего зятя, а потом и Лоренцо, своего племянника.
Начиная с 1465 г. не сохранилось никаких бухгалтерских документов, и потому нам приходится полагаться на дошедшие до нас письма Торнабуони, адресованные старшим партнерам. К сожалению, материала недостаточно. Кроме того, средневековые деловые письма многословны и иногда туманны, поэтому их не всегда легко истолковать. Одна маленькая подробность, возможно, не лишена смысла: в письмах Лоренцо де Медичи Джованни Торнабуони, его дядя по материнской линии, до 1481 г. употребляет фамильярное «ты», а позже переходит на более официальное «вы». Конечно, к Лоренцо всегда обращались «ваше великолепие», но такая форма обращения уже была в ходу во времена Пьеро и в последние годы жизни Козимо. Отражают ли такие изменения постепенное возвышение Медичи из статуса рядовых граждан и купцов к статусу суверенных правителей? И считал ли даже Джованни Торнабуони уместным признавать их превосходство и соблюдать новые правила этикета?
В отличие от раннего периода, когда римский филиал был главным столпом, поддерживавшим Банк Медичи, период 1464–1494 гг. характеризуется нарастанием трудностей, особенно после заговора Пацци (1478), который угрожал Банку Медичи падением. Разгневанный папа Сикст IV, поддержавший заговор, не только угрожал секвестировать все имущество Медичи в Риме, но и, воспользовавшись кризисом, отказался выплачивать долг Апостольской палаты и расторг контракт на квасцы. В декабре 1481 г., когда Медичи вернулись в Рим, одной из первых задач Джованни Торнабуони стало достижение соглашения с Апостольской палатой относительно прошлой задолженности. Претензии Медичи признали, но выплаты шли медленно и с трудом; из-за насущных нужд папского казначейства Апостольская палата не проявляла пунктуальности в выплате просроченных долгов и выполнения обещаний. Так как денег в папской казне не было, Торнабуони предложили в счет долга запасы квасцов. Однако продать их оказалось трудно, особенно после того, как торговля ими снова перешла в руки генуэзцев, а отделения Банка Медичи в Брюгге и Лондоне были ликвидированы.