Одновременно работала Верховная священная конгрегация Святой канцелярии, отделяя «овец от козлищ». До праздника Пасхи 1955 года все сторонники модернизма должны были уйти в отставку «по собственному желанию». Среди них были: иезуит Августин Беа, профессор в Папском Библейском институте в Риме и исповедник самого папы Пия Двенадцатого, итальянский кардинал и патриарх Венеции Анджело Ронкали (в иной истории ставший папой Иоанном Двадцать Третьим), архиепископ Милана Джованни Монтини (в иной истории ставший папой Павлом Шестым), немецкий кардинал и архиепископ Йозеф Фрингс, французский кардинал и епископ Лиенар, австрийский епископ Франц Кениг, голландский архиепископ Бернардус Алфринк, бельгийский епископ Лео Сюненс и ректор Миланской семинарии Джованни Коломбо. Ряд католических богословов, в работах которых обнаружили поддержку модернизма, Конгрегация принудила публично отречься от своих взглядов, а не согласных на это – отлучили от церкви. По миру прокатилась волна «чисток», в ходе которой все сочувствующие модернизму лишались своих постов, епархий и приходов, а наиболее «злостные» (коих, впрочем, было немного) – наказывались отлучением. Также, воспользовавшись удобным случаем, Пий Двенадцатый нанес удар по своей политической оппозиции – многие иерархи РКЦ в США, Канаде, Англии, Франции, Германии, Бельгии и Голландии лишились своих постов или были переведены в другие регионы, а на их место назначили верных папе представителей духовенства Италии, Испании и Латинской Америки.
Среди прочих был вынужден уйти в отставку «по собственному желанию» и неформальный лидер оппозиции, кардинал и архиепископ Нью-Йорка Фрэнсис Спеллман.
Френки, когда-то близкий друг – впрочем, даже теперь Пий Двенадцатый испытывал к нему уважение, как же можно впадать в грех лжи? – говорил о «равноудаленности» Святого престола от обеих доминирующих в мире политических сил – на деле же всячески старался оторвать Церковь от советского блока и не просто приблизить к западному, но и сделать его вассалом. И его не переубедила даже та последняя беседа – в которой папа поделился своими опасениями касаемо будущего разложения Церкви под влиянием модернизма и толерантности (не раскрывая источник сведений – согласно договоренности с советской стороной).
– Пусть так, – ответил Френки, – но это внутреннее дело Церкви, с которым мы можем разобраться сами. Подчинившись же коммунистам, мы через те же пятьдесят лет просто перестанем существовать. Ибо мы – конкурент коммунизму, на одном с ним поле. Сейчас Сталин намерен соблюдать договоренность и не посмеет нас тронуть – но будем ли мы нужны тем, кто сядет в Кремле после него? Когда большинство нашей паствы станет коммунистами и атеистами – зачем тогда им католическая вера? Нас даже не станут разгонять – а просто какой-нибудь мелкий чиновник в Москве подпишет приказ о нашем упразднении, – и толпа этого даже не заметит.