Одновременно обозначился след в силовых структурах. Следователи выяснили, что заказ на убийство Политковской поступил к одному из лидеров «лазанской» группировки Магомеду Димельханову. Выполнение заказа было поручено братьям Махмудовым, которые привлекли к делу рыночного торговца и шофера банды Ахмеда Исаева. Пытаясь установить адрес Политковской, преступники обратились к бывшему оперативному сотруднику так называемого этнического отдела РУБОП Сергею Хаджикурбанову. Тот по своим каналам пробил адрес регистрации Политковской и передал бывшему главе Ачхой-Мартановского района Чеченской Республики Шамилю Бураеву. Кроме того, Хаджикурбанов организовал слежку за Политковской, обратившись за помощью к сотрудникам оперативно-поискового управления ГУВД Москвы Дмитрию Лебедеву, Дмитрию Грачеву и Олегу Алимову. К делу был также привлечен бывший милиционер, работавший в ЧОПе, Алексей Беркин. При этом все представители силовых структур, проходящие по делу об убийстве Политковской, не были знакомы ни с киллером, ни с заказчиком. Они просто выполнили за деньги «левую» работу и представления не имели, что их, по сути, просто использовали втемную.
Непосредственным исполнителем убийства, согласно выводам следствия, являлся Рустам Махмудов — это он заходил в подъезд, в то время как его братья Ибрагим и Джабраил ждали в машине.
К концу лета 2007 года — через год со дня расстрела в подъезде дома на улице Лесная было арестовано 10 человек: Алексей Беркин, Дмитрий Лебедев, Тамерлан Махмудов, Джабраил Махмудов, Ибрагим Махмудов, Олег Алимов, Магомед Димельханов, Ахмед Исаев, Сергей Хаджикурбанов и Дмитрий Грачев. Позже был арестован и Бураев. Киллеру Рустаму Махмудову на тот момент удалось скрыться. Были сведения, что он нашел пристанище в Европе.
Уже было ясно, что убийство готовилось двумя группами — первая следила за журналисткой, а вторая контролировала первую. В слежке за Политковской подозреваются бывшие сотрудники оперативно-поискового управления ГУВД. Вторая же группа состояла в основном из уроженцев Чеченской Республики.
Были обозначены следствием и мотивы преступления: дестабилизация обстановки в стране, изменение конституционного порядка, формирование в России кризисов, возврат к прежней системе правления, когда все решали деньги и олигархи…
Следователи уже понимали, что заказчики и организаторы хотели продемонстрировать не только гражданам России, но и всему миру, что у нас средь бела дня могут убивать известных людей и что правоохранительные органы якобы не в состоянии раскрывать такие дела.