Явно сказался на настроении присяжных и тот факт, что на скамье подсудимых не было ни непосредственного исполнителя убийства, ни заказчика. А кто был? Так, какие-то соучастники. Адвокаты умело этим пользовались, стараясь внушить неискушенным в юридических тонкостях присяжным, что от того, признают ли этих людей виновными или нет, ничего принципиально не изменится, главные злодеи в любом случае уйдут от ответа (хотя в итоге они от него не ушли, но это будет позже).
Результатом всего этого стал оправдательный вердикт присяжных, на основании которого суд был вынужден оправдать подсудимых и под ликующие возгласы многочисленных родственников выпустить их в зале суда. И только спустя несколько месяцев после вынесения этого решения, летом 2009 года, военная коллегия Верховного суда России отменила оправдательный приговор. Дело отправили на новое рассмотрение в Московский окружной военный суд, который в свою очередь вернул дело в Следственный комитет для дополнительного расследования.
Для многих в России вынесение оправдательного вердикта коллегии присяжных заседателей по делу Политковской стало шоком. В том числе и для следователей. И тем не менее, будучи уверенными, что на скамье подсудимых те, кто виновен в убийстве, нужно было стиснуть зубы и, еще раз сосредоточившись, фактически начинать все заново, собирать новые доказательства, закреплять старые. Петрос Гарибян не сомневался, что доведет все до конца. Только теперь никакой спешки. Сейчас нужно скрупулезно и тщательно отрабатывать каждую деталь. Одной из главных задач было — выйти на след исполнителя, Рустама Махмудова, и задержать его.
Для многих в России вынесение оправдательного вердикта коллегии присяжных заседателей по делу Политковской стало шоком.
Но должно было пройти еще долгих четыре года, прежде чем убийство обозревателя «Новой газеты» вновь начнут рассматривать по существу — на этот раз в Московском городском суде. Теперь на скамье подсудимых сидели пятеро уроженцев Чечни: Лом-Али Гайтукаев, его племянники Рустам, Ибрагим и Джабраил Махмудовы, а также бывший оперативник ГУВД Москвы Сергей Хаджикурбанов. Никто из них своей вины не признавал.
Петрос Гарибян считает, что окончательного перелома в расследовании ему удалось добиться летом 2011 года — через два года после завершения первого процесса и за два года до начала второго, посередине срока. Это стало своеобразным «экватором», перейдя который следствие получило окончательно прояснившуюся картину преступления и смогло четко установить, каким образом распределялись роли действующих лиц в подготовке и убийстве Анны Политковской.