При царе Федоре III Алексеевиче (1676–1682) и правительнице царевне Софье 38 полков пехоты и 25 рейтарских полков русской армии находились под командованием исключительно немецких военачальников. Количество протестантов росло и за счет пленных, захваченных во время войн, которые вело Московское государство. Потомки приглашенных умельцев и наемников в дальнейшем обрусели, сохранив при этом свои иностранные фамилии и вероисповедание.
Детально можно рассмотреть развитие протестантской церкви на примере Ингерманландии (Ингрии), области на северо-западе современной России. С начала XVII века финские крестьяне и ремесленники (сапожники, портные, ювелиры), а также врачи и адвокаты, селились в Карелии, в устье Невы и на южной стороне Финского залива, на тех территориях, которые в то время находились под шведской юрисдикцией. Значительное число финнов служило в русской армии. Тогда же на данных землях возникли первые лютеранские общины, впоследствии образовавшие собственную территориальную (ингерманландскую) епархию внутри шведско-финской Лютеранской Церкви. Первое документальное упоминание о Церкви Ингрии относится к 1611 году. В 1639 году выборгский генерал-губернатор разделил территорию Ингрии на два пробства (благочиния). А уже через три года в Нарве была создана суперинтенденция – специальное церковное управление, ведавшее всеми делами, касающимися назначения священников и содержания храмов. При персоне суперинтендента находились четыре асессора – швед, финн, русский и немец. К концу XVII века в Ингрии насчитывалось уже 28 лютеранских приходов, разделенных уже на три пробства. В 1671 году в Ниеншанце, там, где река Охта впадает в Неву, была освящена новая лютеранская церковь для отделившихся от финнов шведских и немецких прихожан. В 1642 году у этой Церкви появился первый епископ, а в 1655 году в Церкви Ингрии уже было 58 приходов, 36 церковных зданий и 42 священнослужителя. При Петре I территория Ингерманландии перешла под русское господство, и когда в 1712 году столицей России стал Санкт-Петербург, он постепенно начал превращаться и в центр лютеранства в России. Накануне 1712 года в Санкт-Петербурге и его окрестностях было 32 финноязычных церковных прихода с сотнями небольших общин. Вместе взятые, они включали в себя около 147 тысяч прихожан. Эти общины входили в многонациональную Евангелическо-Лютеранскую Церковь в Российской империи, Устав которой был подписан императором Николаем I в 1832 году и вошел в Свод законов Российской империи. В Уставе закреплялось деление Лютеранской церкви в России на восемь округов, управляемых консисториями, с генерал-интендентом во главе каждой: Санкт-Петербургской, Московской, Курляндской, Лифляндской, Эстляндской и др. Эти округа разделялись на пробства, состоявшие из приходов и управляемые пробстами. Высшей административной инстанцией служила находившаяся в Санкт-Петербурге Генеральная консистория, которая должна была собираться два раза в год. В 1856 году Санкт-Петербургский округ насчитывал 224095 прихожан, 80 духовных лиц, 164 церкви, тогда как в Московском округе числилось 145937 прихожан, 35 духовных лиц и 88 церквей. В царствование императора Александра II (1855–1881) общее число лютеран по стране составляло более двух миллионов человек, из них около 1,5 миллионов проживало в Эстляндской, Лифляндской и Курляндской губерниях, около 500 тысяч в других губерниях Российской империи.