Такой царский ответ смутил Брюховецкого и всю старшину с ним, а полученное от Правобережного гетмана Дорошенка письмо и вовсе вывело его из равновесия. Он писал в нем: «Такой начальник в народе, каким ты есть, Иван, виновен перед божьим судом и человеческим. Народ, который доверил тебе свою судьбу, пролил неизмеримое количество крови своей, потерял неизлечимо предков своих и потомков на полях брани, ведя долголетние войны с поляками за вольность свою и свободу. Но какую он имеет теперь вольность и свободу? Воистину никакой, только настоящую злобную химеру. Многолетние труды их и все нажитое их по́том забирают у них воеводы и приставы, суд и расправы тоже в их руках. И что же остается несчастному народу? Только нищета, горе и стон. Вы со старшинами своими обогатились в Москве женами, но за их приданое народ расплачивается, и ты уподобляешься тому пастуху, который держит корову за рога, а другие ее доят. Если же ты не имеешь своей силы и отваги, то можно поискать и на стороне. Если нет в христианстве правды, то можно попробовать ее найти у чужоверцев. Ведь не зря говорят, что если человек тонет, то и за бритву хватается. И это не есть грехом и глупостью, а крайностью, вызванной необходимостью. Я готов все отдать на пользу народу, даже свою жизнь, но бросить его в тяжкой неволе и думать мне нестерпимо».
Брюховецкий, раскачиваемый со всех сторон, боясь окончательного своего упадка, в 1668 году избрал себе пристанище самое позорное. Он просил у хана крымского союза, а у турецкого султана опеки и вечной протекции. Для этого послал в Крым Генерального старшину Степана Гречаного, а в Царьгород – старшину Григория Гамалию и канцеляриста Каспаровича. Тем временем воевод, что оставались в Малороссии, прогнал силой в их границы, а тех, которые возвращались снова, не пустил и завернул обратно. При этом многих перебил и перевешал своих старшин и казаков, которые защищали воевод.
Старые казаки, как приверженцы своей веры и давних обычаев, ненавидевшие Брюховецкого за его намерения искать союза и протекции у магометанцев, непримиримых врагов христианства, и за казнь своих людей, которые охраняли воевод, тайно сообщили об этом князю Ромодановскому, советуя ему атаковать своими войсками город Котельву, где находились запасы Брюховецкого и сам он со своими сторонниками часто там находился. К Дорошенко послали поверенных с просьбой прибыть к ним в Полтаву и принять на себя гетманство, на которое они его избирают. Дорошенко, поспешая на тот призыв, прибыл в город Опошня, застав там большое собрание товарищества и казаков, которые единогласно избрали и провозгласили его гетманом Малороссии по обоим берегам Днепра. Брюховецкий, узнав об избрании Дорошенка гетманом, бросился из Котельвы в глубь Малороссии с намерением искать силы, которые его бы защитили. Но казаки, догнав его в местечке Коломак, засудили судом и расстреляли, а жену его отправили с честью к князю Ромодановскому.