Подготовка ко второму походу на Азов и распоряжение по его организации будут навеки запечатлены в русской истории. За почти 10 месяцев на реках, которые впадают в Дон, а он в Азовское море, построена была такая флотилия, которая и в старых приморских государствах веками только строилась. Неожиданно Азовское море покрыли военные корабли, галеры, бригантины, галиоты и другие морские суда, и их насчитывалось до 700 в той стране, где о мореходстве ранее не слышали. Эти многочисленные суда были построены за счет нагрузки на богатых помещиков и граждан, в этом принимали участие и монастыри наравне с другими. Мастеров выписали из иностранных морских государств, больше всего из Голландии.
Поход на Азов начался весной 1696 года. В состав Российской армии вступили и войска Малороссии числом 15 тысяч человек. Командовал ими Наказной гетман, назначенный Мазепой, черниговский полковник Яков Лизогуб и полковники: Гадяцкий – Борухович; Прилуцкий – Горленко; Лубенский – Свечка; охочекомонные – Федорин и Кожуховский. Сам гетман Мазепа со всем остальным малороссийским войском командовал корпусом в крымских степях, наблюдая, чтобы крымский хан со своими ордами не совершил нападения с тыла армиям под Азовом, и немало таких намерений татар он отразил с успехом.
Войска под командованием Лизогуба с их обозами и артиллерией по приказу царя были направлены за Азов со стороны кубанской, чтобы пресечь соединение с городом кубанским ордам. Постоянное внимание тех войск во многом помогало войскам, что взяли в осаду Азов, а осажденных сильно стесняло. Кубанские татары не переставали нападать на табор казацкий, укрепленный обозами, артиллерией и шанцевым батареями, но казаки каждый раз их отбивали и били с желаемым успехом. Во время тех татарских нападений турки каждый раз стремились им помочь вылазками из города, но подвергались равной с ними судьбе, и гнали их казаки назад до города с большими потерями в людях убитых или взятых в плен. Последнюю такую вылазку турки устроили 17 июля, казаки, отбив их от табора, загнали в город и захватили городской болверк (каменное инженерное гидротехническое сооружение) с четырьмя на нем большими пушками, с которого, укрепившись и добавив еще 9 пушек своих, устроили по городу сильную пальбу, которая продолжалась непрерывно целые сутки. В это же время армия из поднятых над городским валом траншейных батарей вела по городу еще более мощную стрельбу, и была она туркам очень чувствительной и губительной. Поэтому они 18 июля выставили на батарее белый флаг и попросили мира, который им был дарован, а город 19 июля по приказу царя занял боярин и воевода Алексей Шеин.