Терпеливо выслушав речь Полуботка, Петр не сделал никакого облегчения ему и его товарищам, их сразу же потащили в новую Петропавловскую крепость и там, заковав в кандалы, бросили в казематы. Имущество, что было при них, до последней мелочи отобрали и раздали как подарки урядникам и сторожам казематов, а остаток перевели на деньги и перечислили в казну государеву. Точно так же, как и все их усадьбы в Малороссии, все имущество движимое и недвижимое, жилые постройки по приказу царя были конфискованы. Родственников заключенных изгнали из их домов, и они скитались по чужим очагам, питаясь с милостыни, как нищие. Вслед за этими узниками отправлены из Малороссии остальные урядники: Генеральный есаул Василий Жураковский, генеральный бунчужный Яков Лизогуб, полковники миргородский Апостол и гадяцкий Милорадович, которых тоже заковали в кандалы и поместили в тюрьмы в Петербурге, а имущество все до последнего тоже конфисковано и забрано в казну. Следом за этими забрали и всех тех, которые командовали полками и сотнями малороссийскими, и посадили в тюрьму в Глухове. Их имущество по тому же плану тоже отобрали. Итак, этими тремя приемами была поражена вся правящая верхушка малороссийская, а на их место назначены великороссийские урядники, и между ними полковниками – в Стародубе Леонтий Кокошкин, в Чернигове Михаил Богданов, в Нежине Петр Толстой. Осужденные урядники томились в тюрьмах больше года. Обычные тюремные притеснения и особенно влажность крепостных строений стали причиной того, что в 1724 году умерли полковники Полуботок и Карпик, писарь Савич и канцелярист Володьковский, а другие сгнили и перекалечились.
О смерти Полуботка легенда гласит, что, когда он почувствовал смерть, то попросил тюремных приставов пригласить к нему священника, а они об этом доложили царю, и Петр пришел к нему попрощаться. И Полуботок сказал царю: «Я неприязни к тебе не испытываю и никогда не испытывал, и с этим умираю, как христианин. Верю несомненно, что за невинные страдания мои и моих близких будем судиться общим и нелицемерным судьей, всемогутним богом, и скоро перед ним оба стоять будем, и Петр с Павлом все рассудят». И, действительно, вскоре после этого, а именно 28 января 1725 года, император Петр I умер.
После его смерти царствовать стала его жена Екатерина I, которая короновалась в Москве 7 мая 1725 года. Первым своим указом она освободила оставшихся в живых малороссийских заключенных, вернув им их собственность и предыдущие ранги и должности, отменив все против них обвинения, подозрения и поклепы: она хорошо знала, что это результат злобы и лукавого мщения властолюбивого Меншикова, который чудодейственно владел царем и его склонностями.