Писаря Ивана Глобу заслали в Сибирь, и там он умер в 1790 году в Белозерском монастыре. Военного судью Павла Головатого заслали в Тобольский монастырь, полковников Черного, Кулика, Пелеху и Порохню, куренного атамана Головка и много другой старшины разослали по разным крепостям и казематам, и там все они закончили свою жизнь.
Военную казну, зимовники, все хозяйство и стада старшин отдали в государственную казну. Сечь и все курени были разрушены. Сечевую церковь ограбили донцы, а часть ее богатства и иконостас забрал в Петербург Потемкин. Нагло ограблены и поделены земли запорожские. Потемкин захватил, сколько хотел, князю Вяземскому и князю Прозоровскому подарено по 100 тысяч десятин, графу Каменскому и графу Браницкому – по 20 тысяч, да и другим московским вельможам перепало немало запорожских черноземов.
Оставшиеся в Сечи казаки, отпросившись у Текелея как бы на рыбалку, на своих чайках сбежали, остановившись против Тилигула, дожидаясь разрешения турецкого султана основать Сечь на Дунае.
На землях запорожской вольности была создана Новороссийская губерния. В 1781 и 1782 годах в Малороссии заведено губернское управление, одинаковое с российским. Малороссию поделили на наместничества. Казацкое управление ликвидировали.
В 1783 году из казацких полков сделали регулярные войска, и в этом же году учреждено крепостничество. Людей, что находились на землях земельных собственников, превратили в крепостных. Они стали зависимыми во всем от собственника, не имели права переходить на другое место, покидать ту землю, на которой сидели, должны были работать на собственника несколько дней в неделе безвозмездно. Так началась в Малороссии настоящая панщина.
В 1785 году казацкой старшине и шляхте выданы дворянские грамоты, заведены дворянские порядки, а казацкие ранги переименованы в чины. Тем самым правительство надеялось склонить на свою сторону и успокоить старшину.
Но не вся старшина была согласна с новыми порядками и снова тайно пыталась заручиться помощью в борьбе с Россией у других стран. Один из таких недовольных был Капнист, который в 1791 году в Берлине искал помощи у Пруссии и просил взять Малороссию под свою руку. Но Пруссия отказалась в чем-либо помогать.
Большинство малороссийской старшины быстро освоилось со своим новым положением и стремилось к чинам и высоким жалованьям. В конце царствования Екатерины многие из них служили в Петербурге в различных комиссиях и министерствах, а некоторые, такие как Безбородько, Завадовский, Трощинский, Кочубей и другие, занимали высокие посты и имели большое влияние при Дворе.