Первое проникновение в «Матрице» происходит, когда агенты допрашивают Нео. Обездвижив его, они вводят в его тело жучка через пупок. Наблюдать за происходящим довольно болезненно и страшно. Затем, перед встречей с Морфеусом, Тринити и ее сообщники вынимают жучка из Нео посредством не менее болезненного проникновения, который заставляет Нео кричать.
Последующую сцену проникновения можно по праву назвать наиболее жестокой. После принятия красной таблетки Нео видит человечество в истинном свете: бесконечные ряды обнаженных тел, пронизанных проводами, которые поддерживают их жизнедеятельность и, скорее всего, удаляют естественные отходы. Порядок контролируют жукоподобные машины, одна из которых готовится смыть Нео в канализацию по трубе (имитируя процесс рождения), чтобы избавиться от него.
После освобождения Нео ожидает более нежное проникновение. Мы видим его полуобнаженное тело, пронизанное акупунктурными иглами. Благостность происходящего подчеркивается возвышенным мягким саундтреком. Морфеус поясняет, что его телу требуется восстановление, так как его мышцы атрофировались ввиду отсутствия движений. Ах, если бы мы все могли восстанавливаться во сне с помощью заботливо воткнутых иголок!
Нео настолько особенный, что учится всему новому на лету, без каких-либо усилий. (Речь идет о физических навыках – в психологическом плане недалекому наивному Киану / Нео приходится основательно потрудиться, чтобы поверить в то, что он – Избранный спаситель, призванный вызволить человечество из Матрицы). Новые знания и навыки просто загружаются в головы умных, достойных и привлекательных членов команды Морфеуса. Для этого в заднюю часть шеи им вставляется провод. В следующей сцене проникновения Нео вновь испуган, так как ощущения от провода в шее, по-видимому, не самые приятные. Нео изучает новые боевые навыки в симуляции, осваивая их и в реальном мире, что заставляет его тело в реальности уставать и болеть. Он учится всему просто стремительно благодаря своей «психокинетике»: он даже не потеет. Несмотря на пугающий эффект, акцент на провода в шее в течение фильма больше не делается. Мы просто наблюдаем, как герои удобно располагаются в креслах, а штекер в их тело входит, судя по всему, безболезненно, потому что это благой штекер, служащий благому проникновению. Люди отправляются в Матрицу с новой осознанностью, которая позволяет им обходить придуманные законы физики и легко побеждать неуклюжих полицейских.
Давайте обратимся к последней сцене проникновения: во время схватки с агентами в Нео входит несколько пуль. Несмотря на свою Избранность (или как раз из-за нее) Нео должен умереть в страданиях. Но вместо этого Тринити (отсылка к Троице и Святому Духу?) вдыхает жизнь в его недвижное тело в реальном мире своим признанием в любви. Пифия, говорит она, предсказала, что я влюблюсь в Избранного, поэтому ты не можешь умереть. Магическим образом Нео возвращается к жизни и с удвоенной уверенностью противостоит агентам. Ранее он уже продемонстрировал удивительную способность уклоняться от пуль, теперь же он может останавливать их прямо в воздухе.