Папа Иннокентий III стремился распространить деятельность инквизиции на всех, кто не признавал его власть и могущество. После того, как старший сын Немани Вукан, ориентировавшийся на Рим, сообщил папе, что боснийский бан Кулин православный, тот призвал венгерского короля Эмериха пойти на Кулина крестовым походом. В 1203 г. представителям Кулина пришлось дать посланникам папы письменную клятву, что они будут лояльны в отношении римской церкви и станут придерживаться её предписаний.
Однако на практике боснийцы остались православными, поэтому папа в 1221 г. призвал венгерского короля Андраша их «уничтожить». Король посылает к боснийским сербам одного архиепископа-славянина, который должен был спровоцировать войну. Но безуспешно. Следующий папа посылает на войну с православными правителя Хорватии и Далмации воеводу Коломана, а его епископ-доминиканец обещает прощение грехов всем, кто погибнет в «священной войне». Боснийский бан Нинослав оказывает решительное сопротивление и даже убивает нескольких наиболее ревностных миссионеров из Ватикана. Венгерский воевода Коломан двигается на западную Боснию, где, по свидетельству папы Григория IX от 1238 г., «уничтожает еретическую напасть и выводит Боснию пред сияние католической чистоты». В Боснию, провозглашённую «миссионерской территорией», снова направлен епископ-доминиканец. Однако сербы его отвергли, поэтому венгры предоставили ему имение в городе Джаково (современная Хорватия), где и была основана кафедра.
В 1247 г. папа забрал Боснию у Дубровницкого архиепископства и отдал под власть венгерского Калочского архиепископства, мотивировав это тем, что «нет никакой надежды на то, что эта страна сама по своей воле обратится в католическую веру. А Калочская епархия с помощью своих и прочих крестоносцев, есть надежда, сумеет установить церковное единство». С тех пор венгерские правители все свои походы против православных сербов и болгар оправдывали религиозными соображениями. В 1253 г. король Белла докладывал папе, что со своим войском борется с еретиками Боснии и Болгарии, а папа Бонифаций в 1303 г. снова требовал от архиепископа Калочского и окрестных епископов начать крестовый поход против боснийских сербов. В 1363 г. венгерский король Лайош и архиепископ Острогонский Никола напали на сербского короля Боснии Твртко I Котроманича, но потерпели сокрушительное поражение. В 1408 г. с благословения папы Григория XII король Венгрии Сигизмунд напал на Боснию и устроил в ней страшную резню, но сербов обратить в католичество не сумел. Последний боснийский король Томаш, который принял католичество в надежде на помощь венгров в борьбе с турками, в 1459 г. признался монаху-доминиканцу Николе Барбуччи, что большинство его боснийцев настроено против католицизма и лучше относится к туркам, чем к католической церкви. Как поётся в народной песне, король Томаш, приняв папскую веру, «стал ненавистен и братьям своим, и голубю на еловой ветке».