В 1217 г. святой Савва опять отбывает на Афон. Некоторые полагают, что причиной этого стало несогласие с внешней политикой Стефана Первовенчанного, просившего и получившего от папы королевскую корону. Другие считают, что целью отъезда стала подготовка к провозглашению автокефальности сербской церкви. Это были тяжелые, непростые времена, когда латиняне владели Византией и Афоном, а император ромеев и Вселенский патриарх находились в византийских владениях в Малой Азии.
15 августа 1219 г., на праздник Успения Пресвятой Богородицы, в Никее Вселенский патриарх Мануил с согласия императора Феодора I Ласкариса хиротонисал Савву в архиепископа. С тех пор Сербская православная церковь стала автокефальной и получила благословение на то, чтобы архиепископа избирал и посвящал в сан сербский собор епископов. Из Никеи Савва прибывает в Хиландар, где выбирает нового игумена и наставляет братию, а затем отбывает к своему старому другу фессалоникийскому митрополиту Константину Месопотамиту В то же самое время он работал над окончательным вариантом Законоправила (Номоканона) – сборника церковных и мирских предписаний, который станет правовой основой сербского средневекового государства. В том же году на соборе в монастыре Жича – центре самостоятельной сербской церкви – Савва посвящает своих лучших учеников в сан епископа и, вручив им Законоправило, отправляет в епархии по всему отечеству. Будучи главой церкви, Савва строил многочисленные храмы, монастыри и школы.
В 1221 г. в Жиче – своей и Стефана задужбине – он возложил венец на брата в соответствии с православным богослужебным обрядом, прочитал проповедь о подлинной вере и призвал присутствовавших жить в согласии с заповедями Божьими. В 1229 г. из сербского приморья Савва отправляется в Святую землю, где его сердечно принимают и иерусалимский патриарх Афанасий с православной ближневосточной братией, и мусульманские правители, через страны которых он проезжал.
В 1234 г. святой Савва снова отправился в Святую землю. Перед отъездом он возвёл на престол сербского архиепископства своего преданного ученика и честного христианина Арсения Сремца. Это был мудрый шаг, ибо Савва понимал, что от личности его наследника будет во многом зависеть дальнейшая судьба сербской церкви и государства. На обратном пути 14 января 1235 г., на Богоявление, он упокоился в Тырнове, в Болгарии. В 1237 г. король Владислав перенёс мощи святителя Саввы в монастырь Милешева.
Наличие его святых мощей для каждого серба имело исключительное духовное и политическое значение, особенно во время турецкой тирании. Только он так глубоко проник в сознание и бытие сербского народа. В качестве иллюстрации можно привести восстание против турок в Банате во главе с владыкой Вршацким Феодором (конец XVI в.). На знамени восставших была икона святого Саввы. Месть турок не заставила себя ждать. В 1594 г. в Белграде на холме Врачар Синан-паша сжёг на костре мощи святого Саввы.