А) Выявление деятельности и ликвидация контрреволюционных групп и организаций.
Как уже упоминалось, в начальный период ВЧК сталкивалась, в основном, с попытками подпольщиков наладить переброску офицеров всех родов войск в подконтрольные белогвардейским вооруженным формированиям районы нашей страны. Одной из первых была «Организация борьбы с большевиками и отправки войск Каледину», раскрытая в феврале 1918 г. Во главе ее стояли полковник Н. Ланской и поручик А. Орел. В ходе выявления их деятельности выяснилось, что одновременно с вербовкой офицеров на Дон и Кубань замышлялось вооруженное восстание в Петрограде и похищение В. Ленина.
К указанной выше организации примыкали и другие — упомянутая уже группа «Белый крест», а также «Союз реальной помощи». Последнюю возглавлял полковник лейб-гвардии Измайловского полка А. Д. Хомутов. При его аресте и обыске в квартире были найдены ряд документов, бесспорно свидетельствовавших о противосоветской деятельности полковника и других участников организации. Эти документы чекисты решили опубликовать. При этом преследовалась цель повлиять на общественное мнение, убедить население Петрограда и других крупных городов в обоснованности принятия репрессивных мер со стороны ВЧК. А вскоре последовавшее освобождение Хомутова мыслилось представить, как акт гуманного отношение к тем, кто обещал прекратить борьбу с советской властью. В расчет не бралось даже то, что полковник не выдал ни одного своего соратника по подпольной деятельности. Пример с Хомутовым является показательным для начального периода работы ВЧК, отсутствия у чекистов и руководства большевистской партии «безудержного стремления» (как утверждают некоторые нынешние историки и особенно политики) применять в правоприменительной практике высшую меру наказания к противникам новой власти. Здесь еще раз напомним, что за петроградский период деятельности Всероссийской ЧК имел место только один факт расстрела, да и то уголовника-грабителя, прикрывавшегося поддельным удостоверением ВЧК.
Совершенно иной подход к разоблаченным и арестованным белогвардейским подпольщикам стал применяться во второй половине 1918 г. В этот период военные угрозы для советской власти резко возросли — сложная обстановка была на Восточном фронте, на Юге набирала силу Добровольческая армия, на Западе сохранялась угроза наступления немецких оккупантов, наблюдались первые вооруженные столкновения с польскими частями, усилился, окрашенный в антирусские тона, сепаратизм на Украине, на Севере постепенно возрастало присутствие иностранных интервентов, практически под их контролем находились крупнейшие порты — Архангельск и Мурманск.