Помимо десяти КРО штабов военных округов было образовано Петербургское городское контрразведывательное отделение, ставшее преемником Разведочного отделения Генерального штаба. Вместе с тем, следует подчеркнуть, что единой системы органов военной контрразведки создано не было. Все КРО действовали без единого плана и подчинялись штабам округов. Отсутствовал высший центральный орган для всех контрразведывательных отделений, который бы определял и направлял оперативную деятельность в области борьбы со шпионажем.
Лишь общее руководство работой контрразведывательных отделений военный министр возложил на Особое делопроизводство при отделе генерал-квартирмейстера Главного управления Генерального штаба (ГУГШ), созданное еще в 1910 г. и отвечавшее ранее только за организацию военной разведки При Особом делопроизводстве было образовано «Регистрационное отделение» (РООД ГУГШ), задачей которого стал учет иностранных шпионов и подозреваемых в шпионаже лиц, рассылка соответствующих ориентировок, а также ведение другой рабочей переписки с местными контрразведывательными органами. Только накануне войны — в апреле 1914 г., РООД объединили с Санкт-Петербургским городским КРО и на их основе создали контрразведывательное отделение ГУГШ.
Согласно «Инструкции начальникам контрразведывательных отделений» перед органами контрразведки ставилась главная цель — борьба с иностранным военным шпионажем. Контрразведывательные отделения должны были бороться также с подрывной деятельностью иностранных спецслужб, направленной на подготовку в России вооруженных восстаний, забастовок и стачек на оборонных заводах, на создание незаконных военных формирований из приграничного «инородческого» населения, на выведение из строя искусственных сооружений и сбор среди неблагонадежного населения империи денежных средств на военные надобности иностранных государств.
Однако, если проблема выработки рациональной структуры контрразведки и постановки стоящих перед ней задач в целом была решена удовлетворительно, то в вопросе о наделении новых органов полномочиями были допущены серьезные просчеты. Одним из главных пороков контрразведки того времени был и оставался их сугубо конспиративный статус. О существовании КРО не было известно не только общественности, но даже и офицерскому составу российских вооруженных сил.
Сотрудники и даже начальники КРО не имели права самостоятельно вести дознание и следствие. Выявив подозрительных лиц, контрразведчики должны были обращаться в местные охранные отделения или губернские жандармские управления МВД с просьбой провести соответствующие следственные действия (обыски, выемки, аресты и т. п.).