Вскоре чекисты раскрыли московское отделение «Национального центра». Прямые свидетельства о действовавшем в Москве отделении «Национального центра» были получены в конце июля 1919 г. В это время председателю Слободского уездного исполкома Вятской губернии Н. С. Веселкову сообщили, что через деревни северного района уезда к Вятке пробирается подозрительный человек в поношенной шинели, который щедро платит крестьянам за подводы. Веселков распорядился немедленно задержать неизвестного. Вскоре ему позвонил начальник милиции Слободского уезда А. И. Бржоско и сообщил о задержании проезжего. Им оказался П. П. Крашенинников, который признался, что по заданию колчаковской разведки ехал в Москву. При обыске у него изъяли оружие и около миллиона рублей, а затем переправили во внутреннюю тюрьму ВЧК. Таким образом, в руках ВЧК оказалась нить, которая привела к центру заговорщиков в Москве.
Кроме того, в середине августа в Особый отдел ВЧК пришла учительница и сообщила, что к директору 74-й московской школы А. Д. Алферову часто приходят подозрительные лица. Ф. Э. Дзержинский распорядился установить за зданием школы наружное наблюдение.
В результате проведенного наблюдения, а также благодаря материалам, полученным Особым отделом, ВЧК удалось выявить, что в помещении школы находится явочная квартира «Национального центра», куда приходят курьеры от Колчака и Деникина.
В ночь на 29 августа 1919 г. чекисты начали операцию по ликвидации «Национального центра» в Москве. Ф. Э. Дзержинский лично арестовал руководителя этого центра Н. Н. Щепкина, а член коллегии ВЧК В. А. Аванесов — содержателя нескольких явочных квартир А. Д. Алферова. Во время обыска чекисты обнаружили документы о стратегических планах советского командования, дислокации и вооружении частей Красной Армии.
Вслед за «Национальным центром» ВЧК раскрыла тесно связанную с ним белогвардейскую военную организацию, во главе которой стоял «Штаб добровольческой армии Московского района». Организация готовила вооруженное восстание в Москве. В течение 19 и 20 сентября сотрудники ВЧК совместно с красноармейцами и рабочими столичных заводов арестовали около 700 участников военной организации, главным образом, бывших кадровых офицеров.
В ноябре 1919 г. органы ВЧК нанесли сокрушительный удар по шпионской организации, руководимой английским резидентом Полем Дюксом. Самого Дюкса в это время в Петрограде уже не было — после ареста участников петроградского отделения «Национального центра» он сбежал в Англию. Руководила организацией эсерка Н. В. Петровская.