Здесь важно отметить, что в первые месяцы существования ВЧК ее правовое положение четко определено не было. 7 декабря 1917 г. при учреждении ВЧК к ее компетенции Совнарком отнес «пресечение и ликвидацию всех контрреволюционных и саботажных попыток и действий»; «предание суду Ревтрибунала всех саботажников и контрреволюционеров и выработка мер борьбы с ними». Было установлено, что Комиссия ведет только предварительное расследование и не имеет никаких судебных полномочий. Для реализации поставленных задач комиссия получила право производить аресты, конфискации, выселять преступные элементы, лишать их продовольственных карточек, публиковать списки врагов народа и т. д.
В первый период существования советского государства понятие контрреволюционного преступления в законодательстве страдало расплывчатостью. Практически чекисты руководствовались инструкцией наркомата юстиции революционным трибуналам, текст которого был опубликован в центральных газетах 21 декабря 1917 г. В ходе своей работы ВЧК должна была выявлять и расследовать деяния лиц, «которые организуют восстания против власти рабоче-крестьянского правительства; активно противодействуют последнему или не подчиняются ему или призывают других лиц к противодействию или не подчинению ему». Далее достаточно обще описывались иные составы преступлений. Фактически, главным регулятором деятельности ВЧК, равно как и других советских органов, выступали указания большевистской партии и Совнаркома, а также «революционное сознание» и «революционная целесообразность». Подобный подход облегчал борьбу с противниками большевистской власти, но одновременно порождал массу проблем, связанных, прежде всего, с необоснованными арестами.
Неразграниченность полномочий ВЧК и Наркомата юстиции, который возглавлял левый эсер И. З. Штейнберг, а также различия в идеологии большевиков и левых эсеров стали провоцировать острые конфликты между этими ведомствами, которые регулярно выплескивались на заседаниях Совнаркома. Так, 18 декабря 1917 г. по ордеру Дзержинского были арестованы некоторые члены Учредительного собрания (как участники «Союза защиты Учредительного собрания»), но нарком юстиции лично освободил их. 19 декабря 1917 г. этот инцидент был вынесен на заседание правительства. Совнарком принял резолюцию, предложенную В. Лениным и И. Сталиным, в которой подчеркивалось, что изменения постановлений ВЧК «допустимы только путем обжалования этих постановлений в Совет Народных Комиссаров, а никоим образом не единоличными распоряжениями комиссара юстиции».