Не имея реального контроля за деятельностью Всероссийской чрезвычайной комиссии, глава НКЮ и ЦК ПЛСР потребовали ввести в ее состав левых эсеров. Этот вопрос был вынесен на рассмотрение СНК. 8 января 1918 г. Совнарком утвердил четырех членов ВЧК от левых эсеров: П. А. Александровича (он стал товарищем председателя комиссии), М. Ф. Емельянова, Д. В. Волкова и П. Ф. Сидорова. В марте 1918 г. левые эсеры составляли 7 из 21 члена коллегии ВЧК, т. е. треть ее членов.
Включение левых эсеров в Чрезвычайную комиссию стало поворотным моментом во взаимоотношениях ВЧК с НКЮ, да и в целом с партией левых социалистов-революционеров. Тем не менее, сразу разногласия устранить не удалось, как в силу того, что левые эсеры не успели еще освоиться с новым для них положением ВЧК, так и из-за позиции Дзержинского, который был настроен на решительное ужесточение борьбы с контрреволюцией и расширение полномочий ВЧК.
Тем временем резко обострилась ситуация на фронте. 21 февраля 1918 г. в связи с немецким наступлением Совнарком издал декрет — воззвание «Социалистическое отечество в опасности!». Он обязывал Советы, другие организации направлять все силы на дело «революционной обороны», уничтожать при отступлении советских войск пути сообщения, продовольствие, имущество, провести мобилизацию и т. д. 8 пункт декрета гласил: «Неприятельские агенты, спекулянты, громилы, хулиганы, контрреволюционные агитаторы, германские шпионы расстреливаются на месте преступления».
23 февраля 1918 г. ВЧК опубликовала сообщение о том, что она, основываясь на декрете Совнаркома, будет использовать такой метод борьбы как расстрел. Комиссия доводила до сведения граждан, что если до сих пор она была великодушна к «врагам народа», то теперь, когда «гидра контрреволюции наглеет с каждым днем…, ВЧК не будет знать пощады к противникам Советской власти. <...> Все неприятельские агенты и шпионы, контрреволюционные агитаторы, спекулянты, организаторы восстаний…, продавцы и скупщики оружия..., будут беспощадно расстреливаться отрядами комиссии на месте преступления».
Хотя декрет «Социалистическое отечество в опасности!» и предусматривал расстрел на месте преступления, тем не менее, до лета 1918 г. чекистскими органами в центральной России он применялся сравнительно не часто. Всероссийская ЧК вообще использовала свое право на расстрел лишь единожды и то в отношении не контрреволюционера, а бандита, прикрывавшегося поддельным удостоверением чекиста. Факты массовых расстрелов, расправ с офицерами и юнкерами имели место главным образом там, где шли вооруженные столкновения, особенно на юге России. Что же касается Петрограда, Москвы, других крупных городов и губернских центров, то здесь расстрелу подвергались прежде всего бандиты, грабители и крупные спекулянты. К политическим противникам Советской власти эта мера официально применялась редко. В целом за первые семь месяцев своего существования ВЧК официально приговорила к смертной казни 27 человек.