Между тем, обстановка в Советской России накалялась, Гражданская война приобрела глобальный характер. Для того, чтобы удержаться у власти большевики предпринимают самые решительные меры. 5 июля 1918 г. на V Всероссийском съезде Советов многие депутаты потребовали применение массового террора против врагов Советской власти. Одновременно вводились такие меры борьбы, как заложничество, изоляция «контрреволюционных элементов» в концентрационные лагеря. Право брать заложников и арестовывать их было предоставлено ВЧК и ее местным органам. Вместе с тем, эти меры в значительной мере были вызваны обстановкой ожесточенной Гражданской войны. Кстати говоря, к подобной тактике активно прибегали и противники большевиков — представители «Белого движения».
Выполняя правительственные директивы, ВЧК безусловно играла ключевую роль в развертывании жестких репрессий. 15 июня 1918 г. ВЧК принимает решение о создании «тройки» из представителей партий большевиков и левых эсеров с полномочиями решать вопросы о расстреле. Членами «тройки» были утверждены Дзержинский, Александрович и Лацис, заместителями — Фомин, Ильин и Петерс. Приговоры «тройки» о расстреле должны были быть утверждаемы только единогласно.
Но сконструированная таким образом «тройка» не способна была выполнять карательные задачи. Входившие в нее левые эсеры стояли на принципиально иной позиции в вопросе о применении высшей меры наказания, ссылаясь на директивы своей партии. Ситуация изменилась после июльского выступления левых эсеров в Москве, когда все сотрудники ВЧК из их числа были исключены из состава Комиссии.
Конкретные контрреволюционные проявления в виде убийств или покушений на убийство высокопоставленных представителей большевистской партии имели решающее значение в развертывании «красного террора». Убийство 20 июня в Петрограде редактора «Красной газеты» и члена Президиума ВЦИК М. Володарского, убийство председателя Петроградской ЧК М. Урицкого и конечно же покушение на председателя Совнаркома Ленина 30 августа 1918 г. сыграли роль детонатора. Уже через два дня — 2 сентября Всероссийский ЦИК принял по предложению Я. М. Свердлова резолюцию по поводу покушения на Ленина. ВЦИК предупредил, что за каждое покушение на руководителей Советского государства и носителей идей социалистической революции будут отвечать все контрреволюционеры и их вдохновители. В тот же день ВЦИК объявил РСФСР единым военным лагерем.
Переход к самым решительным методам борьбы с противниками большевиков был закреплен постановлением Совнаркома «О красном терроре», принятом 5 сентября 1918 г. по докладу Дзержинского. В постановлении говорилось: «…подлежат расстрелу все лица, прикосновенные к белогвардейским организациям, заговорам и мятежам; <…> необходимо опубликовать имена всех расстрелянных, а также основания применения к ним этой меры».