В марте–апреле 1919 г. началось наступление Колчака, а затем летом и осенью 1919 г. деникинское наступление. Обстановка резко осложнилась, что стало причиной восстановления прежних прав ВЧК на репрессии.
24 апреля 1919 г. ВЦИК принял дополнение к Положению о ЧК. Право вынесения приговоров по всем делам, возникающим в чрезвычайных комиссиях, предлагалось передавать реорганизованным трибуналам. Однако, при наличии вооруженных выступлений (контрреволюционных или бандитских) за ЧК сохранялось право пресечения преступлений путем непосредственной расправы. Такое же право сохранялось за ЧК в местностях, объявленных на военном положении. Кроме того, ВЧК предоставлялось право заключения в концентрационный лагерь.
Постановление ВЦИК от 16 июня 1919 г. определило организацию лагерей принудительных работ, которая возлагалась на губернские чрезвычайные комиссии. Во всех губернских городах полагалось открыть лагеря, рассчитанные не менее чем на 300 человек каждый. С разрешения НКВД такие лагеря могли открывать и в уездах. Заключению в лагеря подлежали те категории лиц, в отношении которых были вынесены постановления ЧК, революционных трибуналов и народных судов.
20 июня ВЦИК наделил чекистские органы в местностях, объявленных на военном положении, правом на непосредственную расправу (вплоть до расстрела). Ею карали за принадлежность к контрреволюционной организации и участие в заговоре против Советской власти; государственную измену и шпионаж; укрывательство изменников и шпионов; сокрытие в контрреволюционных целях оружия; подделку денежных знаков; подлог в контрреволюционных целях; организацию поджогов и взрывов; умышленное истребление или повреждение железнодорожных путей, мостов и других сооружений, телеграфного сообщения, воинских и продовольственных складов; бандитизм (участие в шайке, созданной для убийств, разбоя и грабежей), разбой и вооруженный грабеж; торговлю кокаином. 26 сентября 1919 г., в связи с гибелью и ранениями большой группы активистов московской большевистской организации при взрыве партийного клуба в Леонтьевском переулке, (организаторами которого были анархисты подполья) ЦК РКП(б) постановил: «...не объявляя официально массовый красный террор, поручить ВЧК фактически его провести».
Таким образом, исходя из решений ЦК РКП(б), Всероссийская ЧК вновь получила право расстрелов. Однако, разгром Красной Армией основных сил контрреволюции в конце 1919 г. вновь изменил баланс настроений в партийном руководстве. 13 января 1920 г. Политбюро ЦК РКП(б) постановило лишить ВЧК права применять высшую меру наказания.