В январе 1918 г. при Отделе по борьбе с контрреволюцией и саботажем был образован банковский подотдел для борьбы с преступлениями по должности банковских чиновников. В марте 1918 г. на базе этого подотдела был создан Отдел по борьбе с преступлениями по должности, а Организационный отдел был преобразован в Иногородний.
Таким образом, после переезда в Москву ВЧК имела следующие основные отделы: борьбы с контрреволюцией, борьбы со спекуляцией, борьбы с преступлениями по должности, иногородний, а также информационное бюро. К этому времени численность ее сотрудников возросла до 130 чел. Впоследствии структура Всероссийской чрезвычайной комиссии неоднократно менялась.
В центре ВЧК все более сосредотачивала в своих руках функции по борьбе с контрреволюцией, рассеянные прежде по другим органам. Но на местах до весны 1918 г. ситуация была иной. Там после ликвидации военно-революционных комитетов защитой Советской власти ведали самые разнообразные органы. В некоторых городах борьбу с контрреволюцией осуществляли непосредственно большевистские партийные организации и местные советские органы.
Обращение ВЧК к местным Советам с призывом создавать чрезвычайные комиссии поначалу не встретило отклика среди партийных и советских работников. 18 марта 1918 г. ВЧК приняла постановление «О работе ВЧК во всероссийском масштабе», предусматривавшее образование на местах однотипных чрезвычайных комиссий.
С марта 1918 г. началось создание губернских ЧК. 7 марта, в связи с предстоящим переездом в Москву, ВЧК приняла решение о создании Петроградской ЧК. Были организованы чрезвычайные комиссии в Нижнем Новгороде, Москве, Омске, Пензе, Новгороде, Ростове, а затем и в других городах. К июлю 1918 г. создание губернских чрезвычайных комиссий в основном завершилось. В августе в РСФСР насчитывалось 38 губчека.
Низшим звеном чекистского аппарата являлись уездные и районные ЧК. Они начали образовываться в мае 1918 г. 12 июня I Всероссийская конференция ЧК приняла «Основные положения об организации чрезвычайных комиссий». В этом документе выдвигалась задача образовать чрезвычайные комиссии не только при областных, губернских, но и при крупных уездных Советах.
В августе 1918 г. в Советской России насчитывалось 75 уездных чрезвычайных комиссий. Наибольшего размаха процесс их создания достиг осенью в связи с введением красного террора. К концу года в РСФСР было уже 365 уездных ЧК.
Особое место в системе местных органов ВЧК занимали пограничные чрезвычайные комиссии. На них возлагались задачи по борьбе с иностранными шпионами, контрреволюционерами, контрабандистами и спекулянтами. Пограничным ЧК поручалось организовать агентурную сеть за кордоном, они должны были оказывать содействие служащим таможенного ведомства в досмотре пассажиров. К сентябрю 1918 г. на западной границе были образованы 34 пограничные ЧК.