24 февраля 1919 г. был образован Секретный отдел, взявший на себя задачу подавления антисоветской деятельности «буржуазных» и «мелкобуржуазных» партий и групп, а также борьбу с враждебной деятельностью духовенства и сектантов. На III Всероссийской конференции чрезвычайных комиссий (1–3 июня 1919 г.) было принято решение о повсеместном создании секретно-оперативных отделов, в обязанности которых входила организация оперативной работы с использованием сугубо негласных методов борьбы с политическими противниками.
В 1920 г. на органы ВЧК официально была возложена задача по охране правительственных объектов, обеспечению безопасности руководителей Коммунистической партии и Советского правительства. Для этого в октябре 1920 г. в центральном аппарате ВЧК было создано специальное отделение.
Таким образом, можно говорить о том, что развитие и совершенствование организационной структуры ВЧК продолжалось почти непрерывно весь период ее существования. В сложных условиях Гражданской войны ВЧК сумела создать мощнейший аппарат. К началу 1921 г. в 74 губернских, 22 транспортных ЧК и 29 особых отделах насчитывалось 39,8 тыс. чел. Войска ВЧК (к концу 1921 г.) выросли до 68,3 тыс. чел. Общее число сотрудников ЧК превышало 110 тыс. чел.
В основе успешной работы чекистских органов в годы Гражданской войны лежала кадровая политика: комплектование, обучение и воспитание сотрудников. Кадры с первых дней существования ВЧК стали важнейшей и крайне острой проблемой.
Поскольку по идейным соображениям ВЧК в первые месяцы своего существования не привлекала к своей работе служащих царской контрразведки, а тем более охранки, она совершенно не имела квалифицированных профессиональных сотрудников. Обучение чекистов азам оперативной работы поначалу проходило исключительно в процессе их деятельности. Для некоторых чекистов это обучение облегчалось их «обратным» знакомством с методами работы царской полиции, как бывших подпольщиков и заключенных. Тем не менее, даже центральный аппарат ВЧК долгое время не удавалось укомплектовать достойными, профессиональными сотрудниками. На местах кадровая проблема имела еще большую остроту. Немало вопиющих безобразий, фактов глумления над гражданами и их правами было связано с непрофессионализмом работников ЧК и с тем, что в эти органы, как впрочем, и в большевистскую партию в целом, стремились проникнуть различного рода карьеристы, авантюристы и даже уголовники.
Партия большевиков и лично Дзержинский придавали большое значение подбору кадров для органов ВЧК. К лицам, принимаемым на службу в ЧК и особые отделы, старались предъявлять высокие требования. Предпочтение отдавалось выходцам из «трудящихся классов», особенно рабочим и беднейшим крестьянам. В ЧК принимались и представители «мелкобуржуазных» слоев, доказавшие свою преданность Советской власти. Но значительная их часть использовалась на технической работе (конторщики, бухгалтеры, машинисты и т. д.). Буржуазии доступ в аппарат ВЧК был закрыт.