В основе комплектования чекистских органов лежал принцип партийности. На руководящую работу в ВЧК коммунистическая партия старалась посылать стойких большевиков, профессиональных революционеров, имевших опыт конспиративной деятельности и прошедших суровую борьбу с самодержавием. Это касалось не только центрального аппарата, но и ряда местных ЧК. Некоторые из них возглавляли видные деятели большевистской партии. Среди них были: М. С. Урицкий (Петроград), Я. З. Воробьев (Нижний Новгород), О. П. Хинценберг (Воронеж), П. И. Малков (Пермь) и др.
На первое место при подборе кадров ставилась идейная убежденность. В одной из служебных записок председатель ВЧК писал: «Если приходится выбирать между безусловно нашим человеком, но не совсем способным, и не совсем нашим, но очень способным, — у нас в ЧК необходимо оставить первого». Подобный принцип неизбежно приводил к значительным «издержкам», но в условиях Гражданской войны ничего другого не оставалось.
В январе 1918 г. Советское правительство установило порядок, согласно которому члены ВЧК (коллегии) утверждались Совнаркомом, хотя левые эсеры и предпринимали попытки нарушить этот порядок, требуя включения в состав ВЧК членов своей партии без утверждения кандидатур в СНК. 8 января 1918 г. Совнарком ввел в ВЧК четырех членов левоэсеровской партии.
Таким образом, особенность ВЧК в первой половине 1918 г. состояла в том, что она не являлась однопартийным органом: наряду с большевиками в ее аппарате были левые эсеры и даже анархисты. Как большевики, так и левые эсеры стремились максимально насытить ЧК своими членами. Поэтому в феврале ВЧК приняла постановление о том, чтобы принимать партийных сотрудников, а беспартийных — лишь в виде исключения.
После мятежа левых эсеров в Москве (6–7 июля 1918 г.) Совнарком принял постановление о выводе их представителей из коллегии ВЧК. 9 июля 1918 г. исполняющий обязанности председателя ВЧК Петерс сформировал новую коллегию ВЧК, состоявшую только из коммунистов. В нее вошли Дзержинский, Лацис, Ксенофонтов, Полукаров, Фомин, Яковлева и другие. Почти все левые эсеры были изгнаны из ВЧК и ее органов. В них остались (причем, не на руководящей работе) только те члены этой партии, которые открыто осудили тактику своего ЦК.
Со второй половины 1918 г. Советское государство взяло курс на укрепление чрезвычайных комиссий коммунистами и «чистку» их от представителей иных партий. К осени 1918 г. удельный вес представителей «мелкобуржуазных» партий в чекистских органах резко понизился. В сентябре–октябре 1918 г. в 94 губернских и уездных ЧК из 430 руководящих работников 383 являлись коммунистами (89,1 %), 40 — сочувствующими коммунистам (9,3 %) и лишь 7 человек (1,6 %) — членами иных партий (4 левых эсера, 2 народника-коммуниста, 1 анархист). В 65 из 94 чрезвычайных комиссий, в том числе во всех губернских ЧК, ответственные должности занимали лишь коммунисты.