В Первомайском бойцы группы «А» (старший — командир «Альфы» генерал-лейтенант А. В. Гусев), которая при штурме села находилась в резерве, вместе с «Витязем» проводили разведку боем на юго-восточной окраине посёлка, выявляли и подавляли огневые точки противника, осуществляли огневое прикрытие подразделений МВД, оказывали медицинскую помощь и эвакуировали раненых с поля боя. Вечером 17 января состоялся последний штурм, в ходе которого штурмовые группы решили отойти от села, чтобы выкурить боевиков, которые попытались бы прорвать окружение. Чеченцы перешли в контратаку: их попытались уничтожить в открытой степи, однако как минимум от 15 до 20 боевиков удалось выйти из окружения. По итогам операции из находившихся в селе 116 заложников были освобождены 82 (13 человек погибли); в Первомайском были уничтожены 153 боевика и 30 захвачены в плен, а в самом Кизляре были убиты ещё 30 человек. Сама группировка федеральных войск потеряла 26 убитыми и 95 ранеными: серьёзные потери понесли отряд «Витязь», а также СОБР и ОМОН, попавшие под огонь своих. Из личного состава группы «А» во время штурма погиб майор В. М. Воронцов, а ещё два сотрудника «Альфы» — майор А. В. Киселев и майор Д. В. Голиков— уже после окончания штурма были убиты случайным выстрелом из пушки БМП.
С 11 по 28 августа 1996 года группа «Альфа» участвовала в боях в Грозном, сражаясь за комплекс административных зданий, в том числе за здание Управления ФСБ и общежития ФСБ. Чеченские сепаратисты нанесли мощный удар, взяв здание общежития ФСБ и выбив оттуда бойцов группы «В», потерявшей 15 человек убитыми[90]. Оборону здания Управления ФСБ держал сводный отряд, куда входили 21 сотрудник группы «А», 14 бойцов Краснодарской «Альфы» и работники УФСБ. Старший — А. В. Михайлов; группа «А» потерь убитыми не понесла.
Освобождение заложников в Майкопе: 29 мая 1997 года оперативники УФСБ по Адыгее предприняли попытку арестовать криминального авторитета Аслана «Безрукого» Атажахова, чья банда орудовала в Адыгее и помогала полевым командирам Чеченской Республики Ичкерия. Сотрудники 13-го отдела группы «А» УФСБ России по Краснодарскому краю (краснодарский региональный отдел «Альфы») разработали план по захвату Атажахова в доме 383/2 по улице Пионерской в Майкопе, где он постоянно проживал. Атажахова силовики задержали без особого сопротивления, намереваясь затем обыскать его квартиру с целью изъятия оружия и иных доказательств его связей с преступным подпольем. Однако около получаса силовики не могли достучаться, а позже выяснилось, что его племянник и сообщник Азамат Тхитлянов, воевавший в Чечне на стороне сепаратистов захватил квартиру, взяв в заложники супругу Аслана — гражданку Шовгенову — и двоих детей Атажахова.