Командир крейсера считал, что на ходу была возможность уклониться от торпед, в то время как, стоя на якоре без сетей, отбиться не слишком многочисленной артиллерией шансов не имелось никаких. Чтобы в темноте не вылезти на отмель и не задеть своих, оба дозорных парохода, охранявших стоянку днем, отправили ближе к мысу Мутунегаши, используя зажженные на них пиронафтовые фонари как навигационные знаки.
В 01:34 пушки «Днепра» открыли огонь по неизвестным миноносцам, отходившим на запад после атаки входного канала порта. Три однотрубных силуэта оказались довольно хорошо видны в четырех кабельтовых слева по борту на фоне догоравших осветительных ракет у гавани. Результатов огня не наблюдали, так как цели скрылись за всплесками, а ракеты быстро погасли. Потом еще несколько раз маневрировали, уклоняясь от подозрительных теней, но больше не стреляли. Своим боевым освещением с парохода-крейсера не пользовались.
Когда утром 25 сентября на «Николае» подвели итоги, получилось, что вторая ночь обошлась гораздо меньшими потерями. Пострадали только патрульные силы, потерявшие одно судно потопленным, и поврежденными в разной степени были еще восемь, что, по сути, обескровило их. Создавалось впечатление, что это делалось осознанно. В западном устье видели корабли, явно искавшие наши патрульные суда. А в проливе, помимо стоянки броненосцев, объектом целенаправленного нападения стала охраняемая гавань Есан под мысом Есамазаки, атакованная артиллерией и торпедами уже перед самым рассветом.
Однако трем батареям, развернутым в районе Касиваноте, удалось достаточно быстро отогнать противника и не позволить добить уже горящий угольщик и подбитые суда. В итоге от японских снарядов и торпед затонул только один из патрульных каботажников. Еще три были сильно повреждены, причем два из них пришлось приткнуть к отмели, чтобы не потерять. Основной удар принял на себя волнолом из затопленных пароходов и шхун. Все пушки на нем вышли из строя. Отмечалось, что артиллерийский огонь с японских истребителей был необычайно плотным.
Одновременно с проливом Цугару и бухтой Мацумаэ в ночь с 23-го на 24 сентября подвергся нападению и порт Муроран. При этом с самого начала нашим радиопереговорам активно препятствовали мощной искрой со станций типа «Маркони». Помехи сохранялись на протяжении всей ночи. Вдобавок оказалась перерезанной проводная связь крепости Хакодате с постами наблюдения на противоположном от Мурорана берегу у входа залив Уциура, так что ракетные сигналы об атаке, что подавали с «Нахимова», видели с горы Камиготаке и из селения Мори, но не имели никакой возможности сообщить об этом Небогатову. Отправлять посыльных в ночь не рискнули.