Если базовая первоначальная подготовка военнослужащих азербайджанского спецназа осуществляется в собственном специальном учебном центре, то в ходе дальнейшей подготовки военнослужащих отправляют и в иностранные военные учебные центры в некоторых европейских и азиатских странах. Наиболее активно подобное сотрудничество развито опять же с Турцией. Согласно некоторым источникам, подготовка азербайджанских спецназовцев в прошлом проходила на территории Турецкой Республики Северного Кипра. В последнее время стало известно о прохождении военнослужащими азербайджанских сил специального назначения шестинедельных курсов подготовки в турецком учебном центре сил специального назначения в городе Испарта.
В составе ВМС Азербайджана действует собственное специальное подразделение — морской разведывательно-диверсионный центр специального назначения. Центр создан на базе бывшего морского разведывательного пункта Каспийской флотилии ВМФ СССР, расположен на мысе Зых в районе Баку и использует инженерно-водолазный полигон со стрельбищем на острове Вульф в Бакинской бухте.
Наподобие Турции, спецназ ВМС Азербайджана делится на отряды или группы подводного нападения (Sualt Hucum или сокращенно SAH) и подводной обороны (Sualt Mudafi или сокращенно SAM). Первая группа специализируется на разведывательно-диверсионной деятельности, а вторая — на борьбе с подводными диверсантами, защите военно-морских баз и других важных объектов от диверсий и терактов.
Согласно информации из азербайджанских СМИ, в состав морского спецназа входят только офицеры и прапорщики, которых выбирают из числа тех, кто уже служит в вооруженных силах. Учебно-тренировочный процесс занимает порядка 50 недель. В ходе подготовки отсеивается подавляющая часть претендентов, при этом обеспечивается максимальное повышение физической выносливости, силы, психологической устойчивости и других необходимых качеств. Подготовку личного состава ранее вели иностранные инструкторы из США и Турции, боевые пловцы проходили курсы в учебном центре ВМС Латвии в Лиепае.
В структуре Государственной пограничной службы Азербайджана также имеется специальное подразделение — группа быстрого реагирования. Пограничный спецназ занимается охраной нефтяной инфраструктуры, вероятно, на него возложены определенные задачи в сфере разведывательной и диверсионной деятельности в приграничных районах. В ходе учений в мае 2016 г. специальное подразделение пограничной службы отрабатывало разведку в тылу условного противника, рекогносцировку с помощью БЛА, десантирование и скоординированное управление движением войск.