Выбрав аль-Мустали, аль-Афдал расколол секту исмаилитов сверху донизу и оттолкнул – возможно, намеренно – почти всех ее сторонников в восточных регионах ислама. Даже во владениях Фатимидов существовали оппозиционные движения. Исмаилиты на Востоке отказались признавать нового халифа, заявили о своей верности Низару и его роду и порвали все отношения с ослабевшей организацией Фатимидов в Каире. Расхождения между государством и революционерами, которые начали появляться тогда, когда государство только образовалось, теперь сформировались окончательно.
Вскоре даже те исмаилиты, которые приняли аль-Мустали, разорвали свои связи с каирскими властями. В 1130 году после убийства сторонниками низаритов аль-Амира, сына и преемника аль-Мустали, оставшиеся исмаилиты отказались признать нового халифа в Каире, и среди них появилась вера, что потерянный младенец-сын аль-Амира Тайиб и есть скрывшийся и ожидаемый всеми имам. После него имамов больше не было.
Еще четыре халифа-Фатимида правили в Каире, но они были всего лишь местной египетской династией без власти, влияния или надежды. В 1171 году, когда последний из них лежал, умирая в своем дворце, военачальник Саладин, курд по происхождению, который к тому времени уже стал настоящим владыкой Египта, позволил проповеднику прочитать приглашение к молитве от имени халифа-Аббасида Багдада. Халифат Фатимидов, уже исчезнувший и как религиозная, и как политическая сила, теперь был формально упразднен при почти полном равнодушии населения. Еретические книги исмаилитов сожгли на кострах. Спустя более чем два века Египет был возвращен суннитам.
К этому времени в Египте осталось совсем мало убежденных исмаилитов. Однако в других странах эта секта сохранилась в виде двух основных ветвей, на которые она разделилась после смерти аль-Мустансира. Последователей аль-Мустали можно было найти и тогда, и в наши дни, в основном в Йемене и Индии, где они известны как бохра. Тот вид исмаилизма, который они исповедуют, иногда называют «старым проповедованием», так как в нем сохранились основные доктринальные традиции периода Фатимидов.
В то время как мусталианцы стали бездеятельны в отдаленных поселениях ислама, их соперники-низари-ты вступили в период интенсивного развития как своего учения, так и политической активности и некоторое время играли важную и драматическую роль в делах ислама.
В XI веке растущую внутреннюю слабость исламского мира выявили иноземные вторжения, самым значительным из которых было вторжение турок-сельджуков, создавших новую военную империю, простиравшуюся от Центральной Азии до Средиземноморья. С этими вторжениями были связаны серьезные экономические, общественные и культурные изменения, а также изменения чрезвычайной важности в истории ислама. Как обычно, после завоевания обширные земли и доходы были отданы военачальникам-туркам армии-победительницы, которые вместе со своими чиновниками образовали новую правящую касту, заменившую или затмившую арабскую и персидскую аристократию и мелкопоместное дворянство былых времен. Власть, богатство и положение в обществе теперь принадлежали новым людям – иноземным пришельцам, которые часто были еще плохо приспособлены к городской цивилизации исламского Среднего Востока. Положение старой элиты еще больше ослабляли внешние факторы: перемещения кочевников, изменение торговых путей и начало больших перемен, которые привели к подъему Европы и соответствующему упадку ислама. Во времена тревог и опасностей новые владыки-турки обеспечили в определенной мере силу и порядок, но ценой этого были более высокие военные расходы и более жесткий контроль за общественной жизнью и мыслью.