Во время долгого правления восьмого халифа аль-Мустансира (1036–1094) империя Фатимидов достигла пика своего расцвета и быстро пришла в упадок. После его смерти секту исмаилитов разорвал ее самый серьезный внутренний раскол.
Когда власть Фатимидов была в расцвете, халиф полностью сохранял личный контроль над всеми делами, авторитетно возглавляя три большие ветви власти – чиновничество, религиозную иерархию и вооруженные силы. Главой бюрократического аппарата и правительства при халифе был визирь – гражданское лицо, главой религиозной иерархии – главный da‘i, или миссионер (da‘i al-du‘at), который, помимо того что руководил исмаилитскими общинами в империи, еще и командовал большой армией доверенных лиц исмаилитов и миссионеров за ее пределами. Командующий вооруженными силами при этом, по сути, в гражданском режиме возглавлял третью ветвь власти. Однако после смерти аль-Хакима военные стали быстро наращивать свою власть за счет гражданской власти и даже власти самого халифа. Поражения, неудачи и беспорядки в середине XI века ускорили этот процесс, который завершился в 1074 году, когда по приглашению халифа в Египет вместе со своей армией вошел военный губернатор Акры Бадр аль-Джамали, чтобы взять все дела под свой контроль. Вскоре он стал хозяином страны, получив от халифа три титула – главнокомандующего армиями, главы миссионеров и визиря, что означало его контроль над всеми тремя ветвями власти – военной, религиозной и чиновническим аппаратом. Обычно он известен под первым из этих титулов.
С той поры реальным хозяином Египта стал главнокомандующий армиями – военный диктатор, правивший, опираясь на свои войска. Этот пост стал бессменным, на котором преемниками Бадра аль-Джамали стали его сын и внук, а затем ряд других военных диктаторов. Точно так же, как халифы-Аббасиды в Багдаде стали беспомощными марионетками своих собственных преторианцев, Фатимиды теперь стали всего лишь номинальными фигурами для череды военных диктаторов. Это был печальный упадок династии, которая претендовала на духовное и политическое главенство во всем исламе, упадок, который был в поразительном противоречии с верованиями и надеждами исмаилитов.
Такая перемена неизбежно пробудила недовольство и сопротивление среди наиболее воинственных и стойких членов секты, тем более что совпала с периодом возобновившейся активности исмаилитов в Персии. Смена Бадр аль-Джамали его сыном в 1094 году мало изменила положение дел, и, когда после смерти аль-Мустансира несколькими месяцами позже главнокомандующий армиями столкнулся с необходимостью избрать нового халифа, его выбор не был трудным. С одной стороны, был Низар – старший взрослый сын, уже назначенный аль-Мустансиром своим наследником, известным и принятым исмаилитскими лидерами; с другой, был его младший брат аль-Мустали – юноша, не имевший ни союзников, ни сторонников, который впоследствии полностью зависел бы от своего могущественного покровителя. Не было сомнений, что, памятуя об этом, аль-Афдал организовал брак своей дочери и аль-Мустали и после смерти аль-Мустансира провозгласил своего зятя халифом. Низар бежал в Александрию, где при поддержке местного населения поднял восстание. После первоначальных успехов он потерпел поражение, был схвачен и позднее убит.