В начале октября 1914 года госпиталь, в котором служил Фридрих Оскарович, отправился из Воронежа в ближний тыл армии, на прежнюю западную границу Российской империи с Австро-Венгрией, в городок Волочиск, примерно в 175 км к востоку от Львова. Затем недолгое время в ожидании нового назначения Краузе служил врачом в дружине государственного ополчения в Житомире, куда его перевели из-за обострившегося миокардита – осложнения после дифтерии, которую он перенес в Морозовской больнице, заразившись от маленьких пациентов.
В самом конце апреля 1915 года Краузе был назначен старшим врачом 22-го летучего санитарно-дезинфекционного отряда, который еще только формировался. В июне он вместе со своим отрядом отправился в распоряжение 8-й («Брусиловской») армии, входившей в состав Юго-Западного фронта.
По ходу войны его отряд часто передислоцировался в Галиции, на Волыни и в Румынии.
Будничная служба санитарного врача выглядит рутинной и совсем не героической, но она была чрезвычайно важна и необходима. Во время войн смертность в войсках от болезней и эпидемий нередко многократно превышала потери, понесенные в боях. С развитием медицины пришло понимание значимости санитарных мероприятий в армии. Задача военно-санитарной службы заключалась в обеспечении санитарно-эпидемического благополучия войск, предотвращении эпидемий и их прекращении, если они все-таки возникали. Санитарные врачи подвергали свою жизнь опасности заражения и переносили все тяготы походной жизни.
Работа не пугала Краузе, он был рад открывшимся перед ним перспективам и добросовестно отнесся к своим новым обязанностям. Фридрих Оскарович регулярно объезжал села и деревни в районе VIII армейского корпуса, осматривал дома, дворы и колодцы, проверял состояние лазаретов, перевязочных пунктов и околотков, выявлял очаги заразных заболеваний, определял степень снабжения населения продовольствием, занимался лечением и вакцинацией местных жителей, неуклонно проводил санитарные мероприятия и дезинфекцию местности, вел борьбу с холерой, тифом, оспой, дифтерией, цингой. Порой ему приходилось по несколько дней проводить в разъездах, проделывая верхом по 45–55 верст, и он в шутку называл себя кентавром.
На своем посту Краузе бил тревогу, добиваясь разрешения изолировать и лечить местных жителей в госпиталях, сообщая в санитарный отдел штаба армии об отчаянном положении беженцев и необходимости срочной присылки эпидемических и питательных отрядов. Скромный лекарь в чине титулярного советника, каковым Фридрих Оскарович оставался до конца своей службы в армии, не останавливался перед тем, чтобы вступить в конфликт с командирами военных частей, добиваясь от них соблюдения элементарных санитарно-гигиенических требований: мыть солдат в банях, пропускать их вещи через дезинсектор, чистить помещения и т. д. и т. и. Краузе ощутил, что его работа приносит конкретные результаты, и начал испытывать некоторое удовлетворение.