В дальнейшем наиболее значимые события в жизни церкви наступили во времена смуты. Этому периоду истории будет уделено особое внимание, так как день окончания смуты и польской оккупации официально объявлен одним из самых значимых государственных праздников современной России, который неоднозначно трактуется историками и РПЦ. Но, как считает автор, приоритетного внимания заслуживает точка зрения по этому вопросу доктора исторических наук, профессора А.В.Пыжикова («Украинский колорит русской Смуты». https://ss69100.livejournal.com/3916577.html).
После смерти последнего Рюриковича – царя Федора Иоанновича в 1598 году польский король Сигизмунд III обратился к московскому боярству с предложением избрать на трон себя, сулил всем шляхетские вольности. Годунову же обещал сохранить положение правителя, как и было при Федоре. Годунова это не устроило, и вскоре появился Лжедмитрий I (Гришка Отрепьев, предположительно, бывший вассал Романовых), по мнению А.В.Пыжикова, как совместный продукт Варшавы, запорожско-приднепровского казачества, а также «пятой колонны» в лице литовско-украинской и московской элит. Его в Польше основательно подготовили к воцарению, и в 1604 году он двинулся на Россию.
В Туле произошло знаменательное событие – встреча с представителями той самой «пятой колонны», существование которой не желают видеть романовские историки и официальная церковь. Туда прибыли трое братьев Шуйских, Ф. И. Милославский, В. В. Голицын, Д. И. Масальский. После встречи с ними Отрепьев в качестве доказательства своего царского происхождения начал демонстрировать усыпанный бриллиантами крест, якобы подаренный ему в детстве Милославским.
Кроме бояр в Тулу приехал и еще один любопытный персонаж – Рязанский архиепископ Игнатий. Вместо преданного Годунову патриарха Иова, именно Игнатий, первым из церковников публично приветствовавший новоявленного «государя», был избран и поставлен в 1605 году новым Патриархом Московским и всея Руси на архиерейском соборе (А.А.Булычев // Православная энциклопедия. – М.: Церковно-научный центр «Православная энциклопедия», 2009, т. XXI, с. 110–113, с.752 – ISBN 978-5-89572-038-7).
Весть о смерти Годунова деморализовала его сторонников, после чего массовый переход на сторону Лжедмитрия стал фактом. К нему из Москвы прибыли многие, включая даже царскую кухню с прислугой.
Наконец 20 мая 1605 года вся польско-украинско-боярская компания торжественно въехала в Кремль. Московские колокола многочисленных церквей не смолкая звонили весь день, из-за чего, по свидетельству очевидцев, свита Лжедмитрия с непривычки чуть не оглохла (это так церковь встречала ставленника польских оккупантов).