Марина Мнишек была провозглашена патриархом Игнатием благоверной царицей. Она целовала иконы на своем бракосочетании, но не перестала принадлежать к латинской вере.
В середине мая 1606 года Шуйские, Милославские, Голицыны, Куракины и другие инициировали бунт низов, недовольных польско-украинским своеволием. В результате Лжедмитрий был убит, после чего начался погром приезжих, в ходе которого оказались растерзанными около тысячи человек. Пострадали даже те из местных, кто в угоду самозванцу носил польскую одежду.
Не затягивая, провели венчание на царство нового царя Василия Шуйского, предварительно отправив в монастырь патриарха Игнатия, само присутствие которого раздражало людей.
В течение года страна имела четвертого самодержца (Бориса Годунова, его сына Федора, самозванца и теперь Шуйского), пережила два цареубийства, так что надеяться на общее согласие не приходилось. Не помогла и транспортировка из Углича тела погибшего в 1691 году царевича Дмитрия, чтобы покончить с этой опасной легендой.
Инокиня Марфа (мать царевича Дмитрия) – молила простить ей грех признания самозванца, совершенный под угрозами физической расправы. После погрома последовали и непростые объяснения с польскими послами по поводу растерзанных в ходе погрома поляков.
Но Шуйский оказался плохим царем. Появление нового самозванца являлось делом времени. Следующая самозванческая инициатива стала также плодом интриг польско-украинских кругов и части расколовшейся «пятой колонны». Авторство принадлежало близкому к Лжедмитрию I Григорию Шаховскому, удаленному на воеводство в приукраинский Путивль, и другому опальному – воеводе Андрею Телятевскому. Они объявили о спасении истинного государя, в роли которого поначалу выступил некий Михаил Молчанов, обитавший в Литве и в том же Путивле.
Ключевую роль в его войсках играло запорожское и приднепровское казачество, промышлявшее разбоями. Причем казачьи отряды были организованы по польским образцам. В рядах «крестьянской армии» находились и многочисленные люди, ранее служившие Романовым. После опалы в 1601 году Годунов распустил их слуг, холопов, запретив принимать последних на службу. Многие ушли в украинскую сторону.
Впоследствии это сильно смущало патриарха Филарета-Романова, приказавшего при подготовке «Нового летописца» с нужной версией Смуты удалить данный факт из текста. И это было совсем не лишнее, учитывая те зверства, грабежи, погромы церквей, которые чинили на своем пути «восставшие». Они открыто заявляли: «идем и примем Москву и потребим живущих в ней и обладаем ею».