Начиная с конца XIII века началось расшатывание папской власти, которое в той или иной мере протекало до середины XV века. Долгое противостояние папы и Базельского собора (1431–1449) закончилось в 1449 г. поражением сторонников реформ. Булла 1460 г. запретила апеллировать к вселенскому собору, восстановив тем самым единовластие папы.
Соборное движение, не достигнув главных целей, тем не менее, способствовало усилению автономии церквей ряда стран (Франция, Англия, Чехия). Победа папства была эфемерной. Не допустив реформирования церкви сверху, своевременного приспособления ее к сильно изменившимся условиям, оно, само того не замечая, шло навстречу куда более серьезной, чем соборы, опасности – массовому антипапскому движению, Реформации.
Проводником папской политики, ее опорой, помимо духовенства, пребывавшего в миру, было монашество. На территории Западной Европы первые монастыри появились в IV в. в Италии, Галлии, Испании. Существование обители должно было обеспечиваться трудом ее членов. Однако вскоре монастыри превратились в феодальные владения с зависимыми крестьянами, обрабатывавшими их земли.
В обязанности монахов входили чтение и переписка книг, обучение детей. Появившиеся в последующие годы монашеские ордена занимались также выявлением инакомыслия (ереси) среди верующих и организацией их преследования. Для борьбы с ересями католическая церковь создала инквизицию. Еще на заре своей истории церковь считала допустимым насилие в деле утверждения и очищения веры. К бескомпромиссной борьбе с еретиками призывал Августин, апеллировавший не только к церкви, но и к государству. Император Феодосий Великий еще в 382 г. впервые учредил институт разыскания (лат. – inquisitio, отсюда и «инквизиция») врагов церкви и религии.
Особый размах инквизиция приобрела в позднем средневековье с его печально знаменитой «охотой на ведьм». Этот институт достиг своего апогея в 1478 году, когда король Фердинанд и королева Изабелла с санкции папы Сикста IV учредили испанскую инквизицию. С 1483 года её трибунал возглавил Томас Торквемада, который стал одним из авторов знаменитого кодекса. Конгрегация священной канцелярии была учреждена в 1542 году, заменив собой «Великую римскую инквизицию», папа Павел III подчинил ей все локальные инквизиции и дал право действовать во всем мире, а в 1617 году ей были переданы также функции упразднённой конгрегации индекса. Священная конгрегация превратилась в высшую богословскую инстанцию, заключения которой по вопросам веры и канонических действий, были обязательны для всей католической церкви. (Автором по этой проблеме использовались материалы из следующих источников: