Гонения на староверов, начавшись при Алексее, продолжились при Софье, Петре и даже при Николае Первом.
Представляет интерес высказывание о Никоне и его реформах (в соответствии с которыми существует и нынешняя РПЦ) Екатерины II: «Никон – личность, возбуждающая во мне отвращение. Счастливее бы была, если бы не слыхала о его имени… Подчинить себе пытался Никон и государя: он хотел сделаться папой… Никон внёс смуту и разделения в отечественную мирную до него и целостно единую церковь. Триперстие навязано нам греками при помощи проклятий, истязаний и смертельных казней… Никон из Алексея царя-отца сделал тирана и истязателя своего народа (Екатерина II, «О Старообрядчестве», 15.9.1763 г.).
В 1721 году Пётр I реорганизовывает Российскую православную церковь, вводя в ней синодальное правление, отменив ранее существовавшее патриаршество. РПЦ была возглавлена Священным Синодом, полностью подконтрольным императору. Для надзора над деятельностью Синода Петр учредил особую должность синодального обер-прокурора. В результате, сам император стал главой церкви, своей реорганизацией превратив ее де факто в госструктуру – фактически в одно из министерств, создав таким образом идеологическую опору самодержавия, доведя его абсолютизм до максимума.
Государство начало выделять средства на содержание церкви, признавало за церковными праздниками статус государственных. Система орденов империи была основана на именах святых, что создавало сложности при присвоении орденов лицам неправославных вероисповеданий. Сращивание РПЦ с государством проявилось и в том, что православные священники фактически получали чины в соответствии с Табелью о рангах; высшее духовенство приравнивалось к генеральским чинам.
По состоянию на 1898 год Российская православная церковь насчитывала 66 епархий, из них 64 в пределах империи, одна (Алеутская) в Америке, одна (Японская православная церковь) в Японии, 37 тысяч приходов, 720 соборных церквей, 2 тысячи церквей при общественных и государственных учреждениях, 440 монастырей мужских и 250 женских.
Согласно законодательству Российской империи, ведение метрических записей о рождении, браке и смерти было предоставлено духовенству. Существовали ограничения брака между представителями разных исповеданий, в частности, по состоянию на 1898 год запрещались браки христиан с нехристианами. До 1874 г. все дети старообрядцев считались незаконнорождёнными, так как они отказывались венчаться в церкви. С 1874 г. для старообрядцев был введен гражданский брак. Ряд ограничений были наложены на переход из одной веры в другую: христианам запрещалось переходить в нехристианскую веру, православным – выходить из православия. В 1738 году, в царствование Анны Иоанновны, отставной морской офицер Александр Возницын обратился в иудаизм, за что был сожжён по приказу императрицы. Но не иметь никакой веры совсем запрещалось (Политический отдел и финансы/Церковь). Вплоть до 17 апреля 1905 года выход из православия считался уголовным преступлением («совращение из православия» каралось каторгой до 10 лет).