Государство использовало религию для решения национально-политических задач. Так, например, после польских восстаний 1831 года и 1863 года проводилась кампания по принудительному воссоединению греко-католиков с православием (в частности, этому давлению подвергались Украинская греко-католическая церковь и Белорусская греко-католическая церковь).
Присоединенные к православию иноверцы и их потомки зачастую лишь формально числились православными. Это относилось к латышам, насильственно присоединенным к православию, а затем «отпавшим» в лютеранство, греко-католикам, «упорствующим в католицизме», крещеным татарам «отпавшим в магометанство». Но самую большую группу составляли различные сектанты (в основном, старообрядцы), отпавшие от синодального православия, но официально числившиеся православными. Законом этим лицам запрещалось открыто исповедовать свою настоящую религию. Рождения, браки и смерти этой части населения большей частью оставались не записанными в метрические книги, они не имели законной семьи (В.К.Пинкевич. П.А.Столыпин и религиозный вопрос в начале XX века).
И только с 17 апреля 1905 г., под влиянием революции, был издан Указ об укреплении начал веротерпимости. Он разрешал «отпадение» от православия в другие христианские или нехристианские исповедания. Отменили законодательные ограничения в отношении старообрядцев и сектантов. Ламаистов было воспрещено впредь официально называть идолопоклонниками и язычниками (Именной высочайший указ, данный сенату «Об укреплении начал веротерпимости» от 17.04.1905 года).
Уголовное Уложение о преступлениях религиозных, вступившее в силу 14.03.1906, относило к религиозным преступлениям «богохуление и оскорбление святыни», что определялось как «произнесение бранных слов на Бога (Святую Троицу), Богородицу Деву Марию, Бесплотные Силы и Святых Угодников; предметом оскорбления святыни признаются Святые Таинства, Священное Писание, иконы, мощи, … христианская вера» (Право России). Менее тяжким преступлением считалось кощунство, то есть неуважение к христианству и его священным предметам, «непристойные насмешки» над верой и священными предметами. Богохуление христианской веры наказывалось вплоть до каторги, если оно было совершенно в церкви. Кроме того, преступлениями считалось «воспитывание малолетних по правилам не той веры, к которой они должны принадлежать по условиям рождения», и воспрепятствование принятию православия.
Также до 1905 г. существовала практика внесудебного заключения по «высочайшему повелению» императора в монастырские тюрьмы Соловецкого и суздальского Спасо-Ефимьева монастырей по религиозным мотивам (А.С.Пругавин. Монастырские тюрьмы в борьбе с сектантством: К вопросу о веротерпимости. Москва, 1905. СУЗДАЛЬСКАЯ МОНАСТЫРСКАЯ ТЮРЬМА). В июле 1913 г. 6-й ротой 50-го Белостокского полка в монастырях горы Афон на территории Греции с применением силы были задержаны и затем вывезены в Россию свыше 600 российских монахов, бывших сторонниками имяславия, осуждённого Святейшим Синодом как ересь (Еп. Иларион (Алфеев). СВЯЩЕННАЯ ТАЙНА ЦЕРКВИ. Введение в историю и проблематику имяславских споров).