Первый этап длится три месяца, это так называемая тренировочная фаза. Кандидаты не имеют права покидать базу, находясь на ней 24 часа в сутки. После окончания тренировочной фазы кандидаты проходят предварительное испытание, которое включает в себя психофизический тест, проверку умения обращаться с огнестрельным оружием и выполнение ряда упражнений по стандартам SAJ. Тестирование проводится комиссией из представителей командования SAJ. Прошедшим испытания вручается сертификат, и они становятся членами группы.
Второй трехмесячный этап обучения требует высокого уровня психофизической подготовки и лучшего обращения с оружием, умения использовать оперативно-тактические приемы. На этом этапе обучения большое внимание уделяется развитию индивидуальных способностей, а именно обращению с различными видами стрелкового вооружения, использованию снаряжения и средств индивидуальной защиты. Сотрудников обучают моментально ориентироваться в сложной обстановке, в условиях ограниченной видимости (при задымлении, в темное время суток), при быстрой смене целей. Особенно это важно при взаимодействии со снайперами и штурмовыми группами. Также изучаются методы партизанских и контрпартизанских действий. Новоиспеченные сотрудники на этом этапе также занимаются водными видами спорта, прыгают с парашютом, изучают боевые искусства и т. д.
Лучшие по завершении этапа подготовки отбираются для боевой группы В. В ней они отрабатывают тактические приемы штурма городских объектов и транспортных средств, в том числе и с вертолета, скалолазание, изучают специальные курсы по снайпингу, обращению с взрывчатыми веществами и разминированию, применению служебных собак. Здесь же на первых порах они начинают принимать участие в реальных действиях, но пока только в качестве наблюдателей.
Только на третьем году службы сотрудник начинает привлекаться к специальным операциям, связанным с повышенным риском, в составе штурмовых групп. В SAJ учат каждого, что в любой экстремальной ситуации действовать нужно нешаблонно, при этом особенно важно уметь координировать свои действия с действиями других членов команды.
Однако на этом подготовка не заканчивается. Сотрудники SAJ также отрабатывают оперативные приемы борьбы с организованной преступностью, учатся правильным психологическим реакциям в напряженных ситуациях, изучают компьютер, английский язык и т. д.
Из-за серьезных психофизических нагрузок сотрудники боевой группы, как правило, служат в SAJ не более 10 лет, после чего они направляются в другие структурные подразделения министерства внутренних дел, в соответствии с их индивидуальными навыками и наработанным опытом (инструкторами, специалистами в службу безопасности VIP-персон, советниками по борьбе с терроризмом и преступностью, командирами частей).