Текущая неоаристотелевская философия утверждала, что человек состоит из трех частей: тело, душа и еще некий неопределенный элемент. Душу можно объяснить функционированием нервов и т. д., ее активность основана на ощущениях и чувственных восприятиях тела и возможностях памяти. Однако Аристотель признавал, что есть еще некий другой элемент в форме абстракции и априорное мышление, не основанное на опыте, а значит, идущее из другого источника. Философ и комментатор Аристотеля Александр Афродисийский, рассуждая об этом, откровенно признавал, что этот источник, должно быть, Бог, и это принималось как окончательное философское положение, касающееся человеческой природы. Таким образом, христианство, возглавляемое Александрийской школой, учило, что человек состоит из тела, души и духа, а Христос был совершенным человеком и также Богом. Но Аполлинарий, епископ Лаодикеи, настаивал, что, если бы в Христе было тело, душа, дух, идущий от Бога, и также Бог, от которого исходит дух, разумнее было бы предположить, что Божественная Персона в нем вытеснила дух, иными словами, что он вмещал целиком то, чем другой человек владеет лишь частично. Против этого выступали и Сирийская, и Александрийская школы. Один из главных оппонентов, Феодор Мопсуестийский (393–428), утверждал, что не следует смешивать человеческую и божественную природу во Христе. Он и его сторонники считали, что Божественность вошла в человека, уже в сформировавшегося человека, имевшего тело, душу и дух. Некоторые сирийские теологи в горячке спора сгущали краски и утверждали, что Христос родился уже сформировавшимся человеком, прежде чем в него вошла Божественность, а значит, Святая Дева была матерью человека, а не Бога. Подобные утверждения, безусловно, имели место, но не считались учением Феодора или его ученика Феодорита, хотя западные авторы приписывают эти доктрины им.
В 423 г. Несторий, монах из Антиохии, изучивший теологию Феодора, стал византийским патриархом, и его сподвижники выступили против учения Аполлинария. Его идеологическим противником был Кирилл Александрийский. В 431 г. состоялся Эфесский собор, на котором Несторий и его сторонники были формально осуждены и преданы анафеме. Несторианцы не приняли решения Эфесского собора. Раббула, епископ Эдессы, сначала был склонен присоединиться к Несторию, но Кирилл привлек его на свою сторону, и эфесские решения строго выполнялись в Эдессе до самой смерти Раббулы в 436 г. Правда, из-за этого он оказался в конфликте с большинством восточных епископов. Теологи Антиохийской школы признавали осуждение Нестория, но были категорически против осуждения трудов Феодора Мопсуестийского, которые считали образцом ортодоксии и переводили на сирийский язык. После смерти Раббулы эдесским епископом стал Ива (436–457). Он был лектором в Антиохийской школе и одним из тех, кто подготовил сирийский вариант трудов Феодора. Иными словами, его епископство было несторианским. Его неоднократно осуждали и даже низлагали, однако он пользовался огромным всеобщим уважением и после низложения вернулся к должности, хотя и не отказался от своих взглядов. Ситуация изменилась после его смерти в 457 г. и прихода к власти нового епископа Нонна, проводника византийского влияния. Ему было велено подавить непокорность Эдессы, что он и начал делать твердой рукой.