В результате новой политики группа лекторов школы во главе с Бар Саумой перебралась через границу на персидскую территорию, где ее с восторгом приветствовал католикос Селевкии, имевший те же взгляды. Католикос пригласил Бар Сауму ко двору, рассказал царю, как с несторианцами обращались в Эдессе, и попросил разрешить им жить под защитой персидского царя. Христиане, принявшие решения Эфесского собора, сказал он, являются приверженцами византийской государственной церкви, верными императору. Но те, кого государство объявило еретиками и изгнало со всех постов, являются врагами императора. Они готовы верно служить царю царей, если он позволит им жить под его защитой. Персидский царь обещал им защиту и благосклонность. Он формально признал несторианцев, как единственных христиан, имеющих право на признание. Только они становились хозяевами церквей, монастырей и другой церковной собственности в его владениях. В их распоряжение были предоставлены ресурсы государства, чтобы изгонять любого сторонника Эфесского собора. Христианское сообщество снова было признано автономной феодальной группой под руководством католикоса Селевкии, но теперь было сказано, что только те, кто принимают доктрины католикоса, могут получить привилегию вступления в это сообщество. Так несторианцы организовались в церковь за пределами Византийской империи, отвергли власть греческих епископов Сирии и признали своим патриархом католикоса Селевкии. Школа Эдессы теперь сформировалась в Нисибисе, который был ее ранней родиной, и основала еще одну школу в Селевкии. В 457 г. Бар Саума стал епископом Нисибиса и одновременно был назначен инспектором пограничных оборонительных сооружений. Магна, другой бывший лектор из Эдессы, был вскоре после этого назначен католикосом и позже стал послом к императору Зенону. Персы нередко использовали этих высокообразованных греков для государственных целей. «Эти три несторианца проповедовали и устанавливали свою ересь повсюду и позволяли епископам иметь наложниц, как жен», – писал Бар Эбрей. Он имел в виду, что несторианская церковь, организованная на антигреческих началах в 484 г., позволяла епископам, так же как другим священнослужителям, жениться, в то время как восточная церковь всегда запрещала священнослужителям брак после посвящения в духовный сан. Епископами могли стать только монахи, принимавшие обет целибата. Ранние несторианцы руководствовались ненавистью к византийской церкви и желанием приспособиться к персидским предрассудкам. Поэтому они модифицировали дисциплину по восточному образцу. Они позволили священнослужителям жениться. А монахов обязали жить в монастырях, расположенных вдали от городов. Оказавшись в персидской атмосфере, несторианская церковь постепенно пришла в упадок, в основном потому, что должности в ней стали наследственными. Так продолжалось до тех пор, пока католикос Мараба (540–552) не провел всеобъемлющую реформу. Он ликвидировал большинство нововведений 484 г.