К 490 году до н. э. подготовка была завершена, и персидская армия вышла в море из Киликии, что на азиатском побережье, к северу от Кипра, и корабли взяли курс мимо Самоса через Эгейское море. По пути персы захватили богатый остров Наксос, который до этого несколько лет выдерживал натиск. Священный Делос, место, где родился Аполлон, персы обошли стороной, из уважения к божеству и его культу, поскольку приравнивали его к их собственному божеству Ахурамазда. Все Киклады, острова на юге Эгейского моря, окружившие Делос, перешли под контроль персов. Греческий архипелаг, который называли «Морем царства», превратился в нечто лишь немногим большее, чем персидское озеро.
Вся операция проходила летом, поскольку громадной армией вторжения, состоящей из несчетного количества людей и лошадей, нельзя было рисковать в коварном Эгейском море в любое другое время года. Однако эгейским летом максимальной силы достигает мельтеми. И персидским командирам надо было отыскать безопасный район, где мог укрыться флот, пока армия высаживается на берег. Персы направились к острову Эвбея, который располагается вблизи северо-восточного побережья Аттики. Якорная стоянка с подветренной стороны Эвбеи сослужила хорошую службу персам, находясь в удобной близости к их главному врагу – Афинам. Хотя и Спарта, и Афины решили защищать греческий континент, персы понимали: если уничтожить Афины и их флот, Эгейское море окажется в их руках. С расположенной в глубине территории Спартой можно разобраться и позже.
Персидские войска сошли на берег в защищенной гавани к югу от Эвбеи. Довольно скоро они захватили соседние деревни и осадили Эретрию. Афинским колонистам из соседней Халкиды было приказано помочь городу. Афиняне не желали рисковать и оставлять свой город без войск. Однако Эретрия пала раньше, чем прибыла помощь. Все население было уведено в рабство. Пока стратегия персидского военачальника Датиса работала прекрасно. Он нашел безопасную якорную стоянку для кораблей и очистил всю территорию, расположенную за ним, от потенциального врага. Теперь он был готов к следующему шагу – наступлению на Афины.
Датис не намеревался высаживать армию в Сароническом заливе, где расположены Афины, поскольку отлично знал, что встретит яростное сопротивление. Ни один умный командир не станет и пытаться высаживать своих людей на хорошо укрепленные береговые позиции. По пути на север он, безусловно, заметил (а если нет, ему подсказали афинские ренегаты из высшего командования) хорошо защищенную Марафонскую бухту. Бухта была защищена от северо-восточных ветров длинным острым выступом берега, называемым Собачий хвост. За ним располагалась открытая Марафонская долина. От Марафона к Афинам (в южном направлении) вела береговая полоска между горами и морем протяженностью всего 26 миль.