Благодаря этому качеству Владимир Александрович, возглавив КГБ, увидел зазоры между правовой базой КГБ и его практической деятельностью, добился принятия закона об органах государственной безопасности и приступил к осуществлению конкретных мер по их демократизации.
Законопослушание Крючкова проявлялось и в его отношениях с Горбачёвым, во взаимодействии Комитета госбезопасности с органами государственной власти даже в то время, когда, может быть, и следовало «наступить на горло собственной песне».
В начале 1991 года, обсуждая с Горбачёвым январский кризис в Литве, спровоцированный экстремистами, Крючков чётко обозначил свою линию: Комитет госбезопасности силовыми методами будет действовать лишь в тех случаях, когда получит соответствующие указания от руководства страны. Он был привержен этой линии и в последующем.
То, что произошло в Литве, требует пояснений — ведь в столкновениях у телецентра в Вильнюсе либералы, по своему обыкновению, обвинили в первую очередь КГБ и, естественно, Крючкова.
Экстремистские силы из движения «Саюдис», нагнетая обстановку в республике и подогревая сепаратистские настроения, пользовались поддержкой со стороны руководства Литвы, в частности председателя Верховного совета Литовской ССР В. Ландсбергиса, и не намеревались решать какие-либо проблемы политическим путём — речь шла только о насильственных методах борьбы «за независимость», против «советской оккупации». Москва обвинялась во всех смертных грехах, изображалась источником враждебности по отношению к литовскому народу. Телевидение и радио, значительная часть газет и журналов выливали на жителей Литвы поток лживых инсинуаций и подстрекательских заявлений, призывов действовать, добиваться «свободы для литовского народа».
Как отмечал Крючков, резкое обострение обстановки вынудило президента СССР Горбачёва 10 января 1991 года обратиться к Верховному совету республики. В его обращении говорилось: «Надо смотреть правде в глаза и видеть истинные причины создавшегося положения. Они коренятся в грубых нарушениях и отступлениях от Конституции СССР, Конституции Литовской ССР, попрании политических и социальных прав граждан, в стремлении под лозунгом демократии провести в жизнь политику, направленную на восстановление буржуазного строя и порядков, противоречащих интересам народа».
Поскольку никакой реакции на это обращение не последовало, Горбачёв дал указание министру обороны Язову, министру внутренних дел Пуго и председателю КГБ Крючкову предпринять при необходимости адекватные меры силового характера. Заметим, что это решение поддержал тогда и министр иностранных дел СССР Шеварднадзе, ставший к тому времени «своим» в лагере либералов.