За время своей докторантуры А. И. Лебедева получила интересные данные, оформила после войны диссертацию и защитила ее у нас в Университете. Перед защитой было много разговоров, многие члены ученого совета сомневались, является ли диссертация действительно докторской, хотя в то время и предъявляли к таким диссертациям менее жесткие требования. Голосование было далеко не единогласным, но количество положительных голосов все же было достаточно велико, и А. И. Лебедева стала доктором. Впоследствии стало ясно, что такая преждевременная защита послужила ей не на пользу, а во вред. Ей еще нужно было расти и расти, чтобы стать полноценным доктором, а она почила на лаврах, и, не имея достаточного кругозора и научного багажа, остановилась в своем развитии.
Еще во время войны в Америке стали применять в качестве лекарства первый полученный путем биосинтеза антибиотик — пенициллин. Исключительно ценные качества этого препарата побудили наше правительство предложить нашим ученым химикам, биологам и врачам заняться вопросом синтеза, очистки и клинического применения этого антибиотика. После снятия блокады Ленинграда в Университете, в здании исторического факультета, была организована небольшая лаборатория пенициллина под руководством Павла Александровича Якимова. Поставленный перед ними вопрос советским ученым приходилось изучать, как говорится, с азов, так как первые годы американские исследователи почти ничего не публиковали в открытой печати. Вскоре после войны лаборатория пенициллина в ЛГУ была закрыта, так как такому маленькому коллективу не под силу было разобраться в таком сложном вопросе. Якимов перешел работать в Ботанический институт Академии наук.
В Москве был создан институт пенициллина и других антибиотиков, а кроме того, различным научным учреждениям (в том числе и университетам) было предложено заняться изучением антибиотиков. Созывались совещания в Ленинграде, они приходили под председательством академика Л. А. Орбели, на них приглашались из Университета С. Н. Данилов, Г. В. Пигулевский и я. В Москве был организован завод по получению пенициллина, а затем и стрептоцида. В Университете на химическом факультете предложено было давать дипломантам темы, связанные с проблемой антибиотиков. Молодежь всегда склонна заниматься новинками, и у меня появились дипломанты, а позже аспиранты, которые занимались вопросами синтеза и изучения свойств аналогов пенициллина. Позже (с 1949 года) я стала читать курс лекций по химии антибиотиков для студентов, специализировавшихся в области химии природных соединений, и читала их в течение ряда лет, пока при пересмотре учебных планов этот курс не был отменен. В Москве устраивали конференции по вопросу синтеза, выделения и очистки пенициллина. Довольно долго у нас не могли достаточно хорошо разработать вопрос очистки пенициллина, американский пенициллин был совершенно бесцветным, а наш был желтоватый, и такой и поступал в клиники, пока в конце концов не научились получать бесцветный пенициллин не хуже американского. Несколько раз я ездила в Москву на конференции, кроме интересных докладов, которые я там слушала, я использовала эти поездки для свидания с Мариной, у которой проводила два-три дня. Марина тоже нас навещала, каждый год бывала в Ленинграде и иногда приезжала на дачу, но ненадолго, так как летом всегда бывала в экспедициях.