Внутренние трения в правительственной среде были тогда обусловлены исключительной близостью к Елене Васильевне одного из бояр, князя Ивана Федоровича Овчины-Телепнева-Оболенского. Одни бояре, недовольные всевластием фаворита, отъезжали за границу, другие подвергались заточению.
4 апреля 1538 г. Елена Глинская умерла. По сообщению Герберштейна, она была отравлена. До сегодняшнего дня доказательств этому нет, однако сведения эти имеют под собой веские основания, если учесть, что могущество Овчины вызвало глубокую ненависть к нему со стороны бояр, которые понимали, что избавиться от всесильного временщика можно только избавившись от великой княгини. В результате Иван, не достигший еще восьмилетнего возраста, остался круглым сиротой.
Позже появится слух, что истинным отцом Ивана Грозного был не великий князь Василий III, который не мог зачать ребенка на протяжении четырех лет совместной жизни со своей второй женой, а Иван Федорович Овчина, появившийся на политическом горизонте как раз перед рождением княжеского первенца.
Все это, разумеется, не могло не сказаться на характере молодого Ивана. Мать не смогла стать для него наставницей жизни в той же мере, в какой мог бы стать его отец. Да и она слишком мало успела сделать в его воспитании. К тому же мальчик рос в обстановке дворцовых интриг, заговоров и постоянной борьбы за власть. Впечатлительный ум ребенка впитывал в себя все происходившее и воспринимал это как норму взаимоотношений между людьми. С раннего детства Иван видел гибель знакомых ему людей, в том числе своих родственников, благодаря чему у него выработалось убеждение, что человеческая жизнь не имеет никакой цены, а родственные связи ничего не значат.
Со смертью Елены Глинской закончился период регентства, началось боярское правление, представлявшее собой возродившийся опекунский совет, который согласно завещанию Василия III должен был состоять из 20 бояр и фактически ликвидированный при Елене и ее фаворите. Первую роль в этом совете стал играть князь Василий Васильевич Шуйский, прозванный за свою молчаливость Немым, боярин и воевода. Еще в молодых годах он участвовал в походах на Ливонию. В период правления Василия III он участвовал во всех походах, где лично находился государь, был самым близким к нему лицом и имел огромное влияние на все государственные дела. В 1523 г. ходил против Казани, предводительствуя судовой ратью, затем был в крымском походе. По смерти правительницы Елены, Василий Васильевич, склонив на свою сторону многих бояр, объявил себя главой правления, заключил в тюрьму своего противника князя Ивана Бельского. Тогда же был арестован князь Овчина-Телепнев-Оболенский, которого уморили голодом в тюрьме. Сестру его, мамку великого князя Аграфену Челядину, несмотря на протесты самого Ивана, бросили в тюрьму, а затем сослали в Каргополь и постригли в монахи. Василий Шуйский, дабы упрочить свое положение у трона, женился на двоюродной сестре Ивана Грозного, дочери казанского царевича Петра — Кайдагула и внучке Ивана III, Анастасии Петровне, но вскоре умер в 1538 г.