На третий день народная толпа явилась в с. Воробьево, куда переехал государь, и требовала выдачи князя Михаила и княгини Анны. Позже Иван Грозный писал об этих событиях: «От сего убе вниде страх в душу мою и трепет в кости моя, и смирися мой дух». Толпу рассеяли выстрелами, некоторых схватили и казнили. Ивану Васильевичу все-таки пришлось вступить в переговоры с восставшими и пообещать им отстранить Михаила Глинского. Устрашенный судьбой брата, Михаил Глинский вместе с другом своим, князем Турунтаем-Пронским, бежал в Литву. Настигнутые и возвращенные в Москву, они утверждали, что шли на богомолье в Оковец. Их уличили во лжи, но, извиняя их бегство страхом, простили.
Восстания середины XVI в. показали необходимость проведения широких внутренних реформ. Это понял и царь, хотя, скорее всего, он понимал преобразования как отказ от порядков, существовавших при боярах, поскольку многие бояре были ему неприятны с детских лет. Не случайно он после этих событий приблизил к себе и наделил большими полномочиями новых людей. Одним из них был Алексей Федорович Адашев — костромской дворянин, связанный родством с московским боярством. Сын незнатного по происхождению служилого человека Федора Григорьевича, Адашев впервые упоминается в 1547 г. на царской свадьбе в должности ложничего и мовника, то есть он стелил брачную постель государя и сопровождал новобрачного в баню. Царь поставил его во главе Челобитного приказа — учреждения, игравшего роль личной канцелярии государя. Кроме того, он стал постельничим у Ивана IV, в ведении которого находился личный архив царя и его печать.
Столь же близким лицом к царю, как и А. Адашев, стал священник Благовещенского собора в Московском Кремле Сильвестр — выходец из Новгорода. Происхождение его нам неизвестно, первое упоминание о нём в Царственной книге относится к 1541 г., когда он будто бы ходатайствовал об освобождении князя Владимира Андреевича, двоюродного брата царя. Но это известие не подтверждается показаниями других источников, и появление Сильвестра в Москве с большим основанием можно отнести к промежутку времени между 1543 и 1547 гг.: он или был вызван из Новгорода митрополитом Макарием, знавшим его как человека книжного и благочестивого, или же прибыл в Москву вместе с митрополитом. Князь Андрей Михайлович Курбский в своем главном сочинении «История о великом князе Московском» сообщал об обличительной речи Сильвестра, обращенной к царю во время событий 1547 г., в которой священник призвал его стать «на стезю правую». И это, по сообщению Курбского, оказало столь сильное впечатление на «развращенный ум» Ивана IV, что произошло его чудесное исправление. Конечно, Сильвестр у Курбского очень напоминает библейского пророка, обличающего неправедного царя. Курбский окружил ореолом таинственности появление Сильвестра в Москве. Однако князь Курбский, увлечённый библейским образом пророка Нафана, обличающего царя Давида, рисует эффектную картину исправления молодого царя под влиянием Сильвестра. Сильвестр, по словам Курбского, указывал Иоанну на какие-то «чудеса и якобы явления от Бога», причем Курбский замечает об этих чудесах: «не вем, аще истинные ибо так ужасновения пущающе буйства его ради и для детских неистовых его нравов умыслил был себе сие». К подобному «благокознению» Сильвестр прибег, по объяснению Курбского, с той же целью, с какой отцы иногда стараются подействовать на своих детей «мечтательными страхами». Каковы были чудеса, о которых рассказывал Сильвестр, мы не знаем, но что это педагогическое средство им было действительно применено, подтверждает и сам Иван IV, упоминая в письме к Курбскому о «детских страшилах». Это могли быть примеры из библейской, византийской и русской истории.