Софья была необыкновенной девушкой, особенно в понимании тогдашнего «старомосковского» общества, в котором женщину глубоко уважали как мать и хранительницу домашнего очага, но совершенно не воспринимали как фигуру общественную. Уже в ранней юности Софья проявила себя в науках и искусствах — она знала богословие, историю, латынь и польский, сочиняла стихи. Учитель и наставник царевны Симеон Полоцкий называл ее «зело премудрой девицей, наделенной тончайшей проницательностью и совершенно мужским умом»[1]. Ну а вскоре, годам к двадцати пяти, выяснилось и то, что помимо «мужского ума» Софья обладает еще и чисто мужским властолюбием: уже при Федоре она стала активно заниматься политикой. В некоторой степени как раз это подтолкнуло Милославских к тому, чтобы добиться своих целей с помощью переворота, и предопределило их выбор в пользу царевны как своей ставленницы.
С помощью слухов, денег и щедрых обещаний Милославским удалось поднять на восстание кремлевских стрельцов, и без того недовольных задержками жалования и боярским произволом. Утром 15 мая 1682 г. с подачи Милославских по Москве пошел слух о том, что Нарышкины якобы задушили царя Ивана, и в полдень стрелецкие полки окружили Большой Кремлевский дворец. Это был самый страшный день в жизни десятилетнего Петра. Вместе с матерью и братом Иваном он вышел на Красное крыльцо, что должно было наглядно доказать стрельцам всю абсурдность их обвинений: сам Иван сказал, что никто на его жизнь не покушался и жаловаться ему не на кого. Казалось, это успокоило стрельцов, и они уже собирались расходиться, но тут М. Ю. Долгорукий — сын начальника стрелецкого приказа — обрушился на стрельцов с бранью. Для него это стало смертным приговором — князь был растерзан в считанные секунды. Петр спрятался за материнский подол и замер от ужаса: внизу кровожадно ревела разгневанная и нетрезвая толпа, а по дворцу, громыхая оружием, бегали стрельцы. По указке Милославских они вытаскивали на крыльцо родственников и приближенных царицы Натальи и бросали их вниз на копья и бердыши. Изрубленные тела с гиканьем и прибаутками волокли по грязи на Красную площадь, где выставляли на всеобщее обозрение… До конца жизни в памяти Петра так и не изгладятся дикие сцены того майского дня.
В результате стрелецкого бунта Наталья Нарышкина и немногие оставшиеся в живых ее родственники были отстранены от дел, и у трона оказались Милославские. Формально же в России установилось троевластие: царями были объявлены оба сына Алексея Михайловича — Петр и Иван, а правительницей-регентшей при них стала царевна Софья. Так единственный раз в российской истории на одном троне оказалось сразу два самодержца. Впрочем, и трон этот был не совсем обычным: специально для церемонии коронации было изготовлено огромное золотое кресло с двумя спинками, между которыми скрывалось небольшое окошечко. Во время торжественных приемов за троном находилась Софья или кто-то из бояр: они шепотом подсказывали юным государям, как себя вести и что говорить.