По мнению ряда историков, планы Наполеона заключались в том, чтобы расчленить Россию, отторгнув от нее ряд территорий и передав их Австрии и герцогству Варшавскому. Другие полагают, что он рассчитывал одним ударом расправиться с русской армией в генеральном сражении, подобном Аустерлицу, после чего заключить мир, превратив Россию в своего послушного союзника. Известны также высказывания Наполеона о ведении войны в течение трех лет с захватом Москвы в 1813 г, а Петербурга в 1814 г., а также его крылатая фраза о том, что Москва — это сердце России, которое он намерен поразить. С другой стороны, существует и точка зрения, согласно которой Наполеон с самого начала надеялся достичь с Россией компромисса и не собирался вторгаться в глубь российской территории.
Анализ свидетельств разного рода, а также собственно действия Наполеона после начала войны указывают, что, скорее всего, Наполеон не имел ясного для него самого плана войны. Во Франции ожидали, что Россия первая начнет военные действия, вторгнувшись на территорию Польши. Не случайно в обращении к армии Наполеон писал: «Солдаты! Вторая польская война началась!» Действительно, повеление готовиться к походу было отдано Александром I еще в октябре 1811 г., но отказ Пруссии от союза с Россией и заключение ею союза с Францией сорвал эти планы. Таким образом, Наполеон мог полагать, что наносит России упреждающий удар, который сам по себе будет столь силен, что Александр вынужден будет просить мира. Но он просчитался. У России, в отличие от Франции, был заранее разработанный и утвержденный императором план военных действий на случай войны, рассчитанный на борьбу до победного конца.
Историкам в настоящее время известно несколько десятков проектов, составлявшихся в русских военных кругах в период подготовки к войне, однако, в конечном счете, императором был принят план военного министра М. Б. Барклая-де-Толли. В основу этого плана была положена идея о необходимости, уклоняясь как можно дольше от генерального сражения, заманить французскую армию в глубь российской территории. Это привело бы к растягиванию французских коммуникаций, распылению сил огромной армии на большой территории и удалению основной массы войск от продовольственных баз. Подобное решение было подсказано, прежде всего, самим Наполеоном, который во всех своих войнах стремился как можно скорее разгромить противника в генеральном сражении. О правильности такого решения свидетельствовал и опыт кампании 1805 г., осуществлявшейся Кутузовым, но сорванной по вине Александра I. В 1807 г. Барклай-де-Толли в беседе с немецким историком Б. Г. Нибуром заявил: «Если бы мне довелось воевать против Наполеона в звании главнокомандующего, то я избегал бы генерального сражения и отступал бы до тех пор, пока французы не нашли бы вместо решительной победы другую Полтаву»